W ramach postępowania w sprawie działania na szkodę Fundacji, Prokuratura Okręgowa w Piotrkowie Trybunalskim skierowała do Sądu Rejonowego w Bełchatowie akt oskarżenia przeciwko trzem byłym członkom Zarządu Fundacji. Sprawa dotyczy nadużycia uprawnień w celu osiągnięcia korzyści majątkowej oraz złamania ustawy kominowej.
W wyniku kontroli działalności Fundacji Rozwoju Gminy Kleszczów (opublikowanej w lutym 2016 r.), NIK oceniła negatywnie działalność Fundacji do grudnia 2014 roku, w tym m.in. politykę wynagrodzeń. Zdaniem Izby działaniem na szkodę Fundacji było wypłacenie w 2014 r. byłemu Prezesowi Fundacji - który za porozumieniem stron odchodził z Fundacji - odszkodowania w wysokości ponad 600 tys. zł brutto. Zezwalał na to podpisany przez zarząd Fundacji rok wcześniej aneks do umowy o pracę prezesa Fundacji. Stanowił on, że w momencie odejścia z Fundacji, bez względu na okoliczności rozwiązania umowy, prezesowi przysługuje odszkodowanie w wysokości wynagrodzenia, jakie otrzymywałby do końca umowy, czyli do 2018 r.
W związku z ustaleniami kontroli, NIK poinformowała wówczas Prokuratora Generalnego o stwierdzonych nieprawidłowościach w działalności Fundacji. Izba zwróciła się o wnikliwe zbadanie sprawy, wskazując m.in. na niegospodarność i wyrządzenie przez członków Zarządu Fundacji szkody majątkowej w znacznych rozmiarach poprzez nieuzasadnione przyznanie prawa do wysokiego odszkodowania byłemu Prezesowi Zarządu Fundacji (odszedł ze stanowiska w 2014 r.). Przyjęte warunki były bowiem dla Fundacji niekorzystne.
Na wniosek NIK, prokuratura prowadzi również postępowanie ws. zawierania przez władze Gminy Kleszczów i Fundacji Rozwoju Gminy Kleszczów umów sprzedaży nieruchomości, czym wyrządzono Gminie Kleszczów szkodę majątkową w wysokości co najmniej 9,7 mln zł.
