W marcu obchodził 85. urodziny, był w dobrej formie, ale niedługo potem musiał poddać się operacji. Przebiegła pomyślnie, tym niemniej ze szpitala już nie wyszedł. Jego śmierć ma wymiar symboliczny, Stefan Sutkowski zmarł w momencie, gdy wszystkim jego artystom i muzykom wręczane są wymówienia z pracy, a Warszawska Opera Kameralna ulega ostatecznej dewastacji.

Stworzył swój teatr w 1961 roku od razu na najwyższym poziomie. W pierwszej premierze „Służącej panią” Pergolesiego wystąpili śpiewacy o światowej renomie: Bogna Sokorska, nazywana słowikiem Warszawy i Bernard Ładysz oraz znakomity aktor, Bogusław Pawlik. Nie przeszkadzał brak własnej siedziby i fakt, że teatr formalnie nie istniał, co w czasach PRL wydawało się nieprawdopodobne.

Na własną scenę Warszawska Opera Kameralna czekała ćwierć wieku. Dostała ją wreszcie w 1986 roku w dawnym Zborze Kalwińskim, którego stylowa XVIII-wieczna architektura doskonale pasuje do instytucji zajmującej się muzyką barokową, staropolską, Mozartem czy Rossinim.

Taka właśnie była jego koncepcja kameralnego teatru, który przywracałby operowe skarby sprzed dwustu czy trzystu lat. I Stefan Sutkowski konsekwentnie ją realizował. To dzięki niemu publiczność poznała pierwszą wersję „Halki” Moniuszki różniącą się znacznie od tej wystawianej powszechnie, albo operę „Wybawienie Ruggiera z wyspy Alcyny” Franceski Caccini, którą przyszły król Władysław IV tak się zachwycił  we Włoszech, że potem stworzył teatr operowy na Zamku w Warszawie. To w WOK wystawiano dzieła Monteverdiego, Händla, Purcella, obecne na wszystkich światowych scenach ale nie w Polsce.

Stefan Sutkowski stworzył też w 1991 roku Festiwal Mozartowski, jedyną imprezę na świecie, która co roku prezentowała wszystkie 23 dzieła sceniczne Mozarta. Jeździła też wielokrotnie z nimi po świecie. – Jeśli ktoś pyta mnie, dlaczego w Warszawie co roku odbywa się Festiwal Mozartowski – mówił „Rzeczpospolitej” – posługuję się oczywiście racjami historycznymi: tego kompozytora zawsze tu grywano i ceniono, więc nawiązujemy do tradycji. Ale jest to tylko pół prawdy. Mozart to po prostu geniusz tak wszechstronny, że jeśli tylko pojawia się szansa na prezentację jego muzyki, należy z niej korzystać.

Był nie tylko dyrektorem teatru, a wcześniej muzykiem-oboistą. Należał do odkrywców, którzy przywrócili polskiej kulturze zapomniane skarby muzyczne. Już w 1957 roku stworzył Musicae Antiquae Collegium Varsoviense – pierwszy w Polsce zespół muzyki dawnej, grający na oryginalnych instrumentach z epoki.

– Wchodziliśmy wówczas w okres obchodów 1000-lecia państwa, co sprzyjało sięganiu w przeszłość – opowiadał potem. – Z drugiej wszakże strony była to też rocznica 1000-lecia polskiego chrześcijaństwa, do czego władze PRL-u nie chciały się przyznawać. A przecież muzyka dawna to w ogromnej części utwory o charakterze religijnym. Było zatem zainteresowanie naszymi koncertami, ale nie przekładało się ono w oficjalną pomoc. Od początku natomiast wiedziałem, że muszę szukać ludzi, którzy muzyką dawną autentycznie się interesują. I przez lata udało mi się ich znaleźć.

Stworzony przy WOK Ośrodek Badań Muzyki Dawnej dokonał wielu odkryć XVII-wiecznych i XVIII-wiecznych utworów spoczywających w zakamarkach polskich i zagranicznych bibliotek.  – Kiedy nagrywałem pierwszą płytę, znalazł się na niej jedyny utwór niejakiego Damiana – mówił. – Później odkryto, iż nazywał się Damian Stachowicz. Dziś uważany jest za najwybitniejszego kompozytora końca XVII wieku, a z jego odnalezionych utworów można ułożyć bogaty program koncertowy.

To zespół Stefana Sutkowskiego odkrył w latach 90. ubiegłego wieku w Staatsbibliothek w Berlinie wielkie oratorium–pasję Józefa Elsnera, zmieniającą naszą ocenę artysty znanego dotąd niemal wyłącznie jako nauczyciela Chopina. Przy WOK powstała też Fundacja Pro Musica Camerata, dzięki której wydawano nuty oraz płyty z muzyką polską – od średniowiecza do wieku XIX.  Sam zaś dyrektor stworzył prywatne wydawnictwo Sutkowski Edition Warsaw, którego czołowym osiągnięciem jest „Historia muzyki polskiej" (także w wersji angielskiej), obejmująca opracowania od czasów najdawniejszych do współczesności oraz monografie wybranych tematów.

W 2012 roku Urząd Marszałkowski woj. mazowieckiego, któremu podlega Warszawska Opera Kameralna, odwołał Stefana Sutkowskiego ze stanowiska dyrektora. Można się było tego spodziewać, od dawna narastał bowiem konflikt. Zwierzchnicy żądali oszczędności, zmniejszali dotacje. On nie chciał dokonywać żadnych zmian, choć wiadomo było, że jego sposób prowadzenia teatru nie przystaje do obecnej rzeczywistości, w której najważniejsza staje się optymalizacja kosztów.

A jednak następca, Jerzy Lach kontynuował linię programową, uważając tak jak Stefan Sutkowski, że najważniejsze wartości to: tradycja, dorobek oraz unikalny poziom artystyczny. Dopiero niedawna kolejna zmiana dyrekcji w WOK postanowiła rozprawić się ze spuścizną Stefana Sutkowskiego.

On zaś po długiej przerwie zdecydował się zimą zobaczyć jedno z przedstawień swego dawnego teatru. Po spektaklu pogratulował artystom, których wychował, a potem powiedział, że nigdy już nie przyjdzie, bo nie chce być łączony z tym, co tu się dzieje. Teraz jego i stworzonego przez niego teatru już nie ma.