Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dyrektor KIS) 8 maja 2018 r. wydał interpretację w przedmiocie opodatkowania VAT sprzedaży gruntu zabudowanego budynkiem na rzecz właściciela nakładów (sygn. 0112-KDIL2-2.4012.93.2018.1.AKR). Wniosek o wydanie interpretacji został złożony przez gminę, która zamierzała sprzedać działkę zabudowaną budynkiem pawilonu handlowego. Przedmiotowa działka została wydzierżawiona podmiotowi zewnętrznemu, który w 1999 r. wybudował na niej, za zgodą gminy, pawilon handlowo-usługowy, w związku z czym wydano decyzję o warunkach zabudowy.
Czytaj też: VAT: gmina sprzedająca grunty działa jak przedsiębiorca
Przed zakończeniem umowy dzierżawy, pierwotny dzierżawca sprzedał nakłady budowlane w postaci pawilonu na rzecz innego podmiotu, który następnie wydzierżawił od gminy przedmiotową działkę. Umowa dzierżawy ostatecznie wygasła w 2017 r. i działka nie była ponownie wydzierżawiana. We wniosku gmina podała, że nie była w ekonomicznym posiadaniu pawilonu znajdującego się na działce, zaś sama działka nie jest objęta planem zagospodarowania przestrzennego a w studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego została oznaczona jako przeznaczona pod zabudowę usługową. Gmina powzięła zamiar sprzedaży przedmiotowej działki w drodze przetargu ustnego. W związku z tym zaistniały dwa możliwe rozwiązania – gmina mogła sprzedać działkę na rzecz dotychczasowych dzierżawców będących właścicielami pawilonu bądź na rzecz osób trzecich. W przypadku sprzedaży na rzecz byłych dzierżawców, byliby oni zobowiązani do zapłaty ceny za działkę, pomniejszonej o wartość nakładów, tj. pawilonu. W drugiej sytuacji, nabywcy byliby zobowiązani do zapłaty całości ceny, natomiast gmina dokonałaby zwrotu wartości nakładów byłym dzierżawcom.
Na tle tak opisanego stanu faktycznego gmina zadała pytanie, czy sprzedaż działki i nakładów (pawilonu) będzie zwolniona z VAT, czy też będzie podlegała opodatkowaniu stawką podstawową, w zależności od tego, czy będzie dokonana na rzecz byłych dzierżawców a jednocześnie właścicieli nakładów, czy na rzecz osób trzecich.
Zdaniem gminy, w przypadku sprzedaży na rzecz byłych dzierżawców, dostawa gruntu powinna podlegać opodatkowaniu stawką podstawową, natomiast wartość nakładów powinna być wyłączona z opodatkowania VAT. W drugim przypadku gmina przyjęła, że sprzedaż działki wraz z budynkiem powinna być zwolniona z VAT, gdyż od pierwszego zasiedlenia upłynęły ponad 2 lata, a ponadto gmina nie dokonywała ulepszeń budynku.