Muzeum Narodowe w Krakowie wydało więc na Światowe Dni Młodzieży mapę „Szlakiem wizerunków Matki Miłosierdzia" i z nią zaprasza do tych krakowskich kościołów, gdzie znajdują się szczególnie interesujące obrazy, które nie mogły być przeniesione na wystawę.
W kościele Pijarów pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego zobaczymy więc Matkę Boską – opiekunkę Krakowa, rozpościerającą nad miastem płaszcz na znak swojej opieki. Poleca ona Chrystusowi także całą Rzeczpospolitą, symbolizowaną przez tarczę herbową z Orłem i Pogonią. Obraz namalował Szymon Ciechowicz około 1722 roku, odwołując się z ikonografii Matki Miłosierdzia.
Od XV wieku w Krakowie i Małopolsce wielką popularność zyskały obrazy nazywane Misericordia Domini (Miłosierdzie Pańskie). Przedstawiają one Marię jako Matkę Boską Bolesną, z czułością obejmującą Syna, stojącego w otwartym sarkofagu z krwawiącą raną w boku. Motyw nawiązuje do proroctwa Izajasza, przepowiadającego, że źródłem miłosierdzia Chrystusa są jego rany, poniesione podczas odkupieńczej męki. Maria według tej ikonografii dzieląc mękę Zbawiciela współuczestniczy w Bożym Miłosierdziu, a jednocześnie oręduje za wiernymi.
Ikonografia tego typu wywodzi się od dwóch krakowskich obrazów, otoczonych wielkim kultem. Jeden XVII–wieczny znajduje się w kościele Franciszkanów-reformatów. Matce Bożej i Chrystusowi towarzyszą na nim św. Franciszek i św. Jan Kanty - gorący orędownik takiego przedstawienia Miłosierdzia. A drugi obraz z XV wieku można zobaczyć w krużganku klasztoru Augustianów-eremitów na Kazimierzu.
Nie mniejszą popularnością cieszyło się w Krakowie przedstawienie Matki Boskiej, łamiącej w dłoniach strzały gniewu Bożego, która miała chronić mieszkańców miasta przed morowym powietrzem podczas epidemii na początku XVIII wieku. Taki wizerunek Marii przedstawia m.in. malowidło na fasadzie kościoła Prezentek pod wezwaniem św. Jana, a także obraz z kościoła Mariackiego w sąsiedztwie ołtarza Wita Stwosza.
