Do węgierskiej stolicy przybył w lipcu 1944 roku, mając 650 szwedzkich paszportów. Jednak przed otoczeniem miasta przez Armię Radziecką w październiku wydał już ponad 4,5 tys. dokumentów, a w samym mieście kupił 22 domy, dwa szpitale i stołówkę. Na wszystkich budynkach wisiały szwedzkie flagi, uważano je za eksterytorialną własność dyplomatyczną i tam kryli się Żydzi. Pod koniec roku udało mu się przekupstwami, groźbami i szantażem opóźnić likwidację budapeszteńskiego getta, aż zajęła je Armia Radziecka. W gettcie miało przebywać 80-100 tys. osób. Jeden z uratowanych, Tom Lantos zrobił karierę polityczną w USA. W latach 2007 – 2008 był szefem komisji spraw zagranicznych Kongresu oraz inicjatorem nadania Szwedowi honorowego obywatelstwa USA (przed nim otrzymał je jedynie Winston Churchill).
Znalazłszy się po radzieckiej stronie frontu Wallenberg został aresztowany. Istnieją trzy wersje jego zatrzymania. Każda kończy się wyjazdem Szweda do kwatery głównej radzieckiego dowódcy, marszałka Rodiona Malinowskiego w węgierskim Debreczynie. „Jadę do Malinowskiego. Jako gość czy więzień, jeszcze nie wiem" – tak brzmiał ostatni zapis Wallenberga w jego dzienniku. Przez Rumunię przewieziono go koleją do Moskwy, na Łubiankę.Podczas zatrzymania enkawudyści mieli znaleźć w samochodzie Wallenberga znaczną ilość kosztowności i walut, które woził prawdopodobnie by przekupywać Niemców. Precjozów nigdy już nie zobaczono, za to w czasie szturmu Budapesztu szwedzka ambasada została trzykrotnie obrabowana przez żołnierzy-wyzwolicieli.
Śmierć
8 marca 1945 radiostacja węgierskich komunistów poinformowała, że Wallenberg został zabity przez węgierskich faszystów w drodze do Debreczyna. Sztokholm uwierzył, i aż do lat 50. nie pytał o los swego dyplomaty. Dopiero po 1954 wrócili z łagrów niemieccy jeńcy, którzy twierdzili, że widzieli żywego Wallenberga w Moskwie.
– Szwed został najprawdopodobniej zamordowany nocą z 16 na 17 lutego 1947 roku w celi na Łubiance. Na raporcie o jego śmierci minister bezpieczeństwa Wiktor Abakumow napisał: „skremować ciało bez sekcji zwłok" – sekcja nie była mu potrzebna, bo wiedział na co zmarł Wallenberg, najprawdopodobniej sam kazał go zabić – mówi historyk Pawłow.
Wnuk zamieszanego w mord na Szwedzie Wiaczesława Mołotowa, polityk Wiaczesław Nikonow twierdził w 1991 roku, że Wallenberg został otruty w celi. – W NKWD był truciciel Grigorij Mairanowskij. Podlegały mu laboratoria produkujące trucizny, a on miał polecenie testowania ich na więźniach – wyjaśnia Pawłow.
Poszukiwania
Do tej pory nie wiadomo dokładnie, jak – ale też kiedy – zginął Wallenberg. Szymon Wiesenthal znalazł świadków, którzy twierdzili że Szwed żył w łagrach jeszcze w 1962 roku. Dlatego matka Wallenberga i jego ojczym odmawiali odebrania nagrody „Sprawiedliwy wśród narodów świata" uważając, że sam to zrobi. Oboje popełnili samobójstwo w 1979 roku, nie mogąc już wytrzymać niepewności związanych z losem Raula. W 1991 roku szef „archiwów specjalnych" Anatolij Prokopenko próbował przekazać Szwedom odnalezione przez siebie dokumenty na ten temat, jednak KGB odebrała je, a samego Prokopenkę wyrzucono z pracy.