Odrębnym zagadnieniem jest przyjęte w proponowanej nowelizacji ograniczenie czasowe na podniesienie zarzutu potrącenia. Obecnie podniesienie takiego zarzutu możliwe jest do zamknięcia rozprawy w pierwszej instancji, a nawet w postępowaniu w drugiej instancji. W nowelizacji natomiast pozwany może podnieść zarzut nie później niż przy wdaniu się w spór co do istoty sprawy albo w terminie dwóch tygodni od dnia, w którym jego wierzytelność stała się wymagalna.
Przede wszystkim należy zwrócić uwagę na to, że nie w każdym przypadku podniesienia zarzutu potrącenia w trakcie procesu oznacza jego nadmierne przedłużenie. Może się przecież zdarzyć, że roszczenie, na którym zostało oparte potrącenie, jest niesporne pomiędzy stronami.
W takim przypadku nie spowoduje to opóźnienia rozstrzygnięcia dotyczącego roszczenia głównego, a wręcz przeciwnie, przyczynić się może do szybszego zakończenia postępowania. Nawet jednak w sytuacji, gdy roszczenie, na którym oparto zarzut potrącenia, jest sporne, rozwiązanie przyjęte w projekcie nowelizacji jest dość dyskusyjne.
Zdecydowano się przyjąć ograniczenia czasowe zbliżone do tych, jakie do tej pory dotyczyły możliwości zgłoszenia powództwa wzajemnego, a więc do momentu wdania się w spór co do istoty sprawy przez pozwanego. Należy jednak pamiętać o zasadniczej różnicy pomiędzy pozwem wzajemnym, który jest wyłącznie czynnością o charakterze procesowym, a potrąceniem, które albo opiera się na czynności materialnoprawnej (to jest na potrąceniu) dokonanej już wcześniej, albo też jest czynnością wywołującą dwa skutki – skutek materialnoprawny w postaci skutecznego umorzenia obu wierzytelności wzajemnych oraz skutek procesowy w postaci zarzutu procesowego. Odmowa uwzględnienia powództwa wzajemnego ma ten skutek, że procesowe roszczenie wzajemne nie będzie mogło być rozpoznane w ramach postępowania dotyczącego roszczenia głównego. Pozwany jednakże może w odrębnym procesie dochodzić tego roszczenia, a w każdym postępowaniu będzie możliwe wydanie orzeczenia odpowiadającego aktualnie istniejącemu stanowi prawnemu pomiędzy stronami. Inaczej jest w przypadku potrącenia. Strona podnosząca zarzut potrącenia wskazuje na to, że albo w przeszłości albo też z chwila podniesienia zarzutu potrącenia roszczenie drugiej strony zostało zaspokojone. W tym sensie zarzut potrącenia jest bardzo zbliżony do zarzutu spełnienia świadczenia. Zakładając że potrącenie zostało skutecznie dokonane, pominięcie tego w postępowaniu dotyczącym roszczenia głównego oznacza, że wyrok wydany w tym postępowaniu nie będzie odpowiadał rzeczywistemu stanowi stosunków pomiędzy stronami. Inaczej niż w przypadku powództwa wzajemnego, nie można w takim przypadku ograniczyć się do stwierdzenia, że pozwany może dochodzić swojego roszczenia w odrębnym procesie. Jeśli bowiem dokonano skutecznie potrącenia, to pozwany nie ma już roszczenia, którego mógłby dochodzić, ponieważ wskutek dokonanego potrącenia zostało ono umorzone jednocześnie z roszczeniem głównym, które w takim przypadku zostało zasądzone w nienależnej wysokości. Prawdą jest, że pozwany będzie mógł obronić się w postępowaniu przeciwegzekucyjnym przed wyegzekwowaniem nienależnie zasądzonego roszczenia. Jednakże oceniając to rozwiązanie z punktu widzenia ekonomii procesu można mieć istotną wątpliwość, czy ma sens zadbanie o szybkość postępowania o roszczenie główne w sytuacji, gdy z definicji oznacza to konieczność obrony pozwanego w ramach nowego powództwa przeciwegzekucyjnego, gdyby wygrywający pierwszy proces powód zechciał wyrok egzekwować. Dlatego też wydaje się, że proponowane ograniczenia czasowe dotyczące momentu złożenia zarzutu potrącenia nie są właściwe. Wydaje się bardziej właściwe stosowanie tu reguły podobnej do tej jaka obowiązuje w odniesieniu do podniesienia zarzutu wykonania zobowiązania. Wystarczającym instrumentem wydaje się tu bardziej ogólna zasada, wyrażona w art. 2053 § 3 projektu nowelizacji, w myśl której: „Przewodniczący może zobowiązać stronę, by w piśmie przygotowawczym podała wszystkie twierdzenia i dowody istotne dla rozstrzygnięcia sprawy pod rygorem utraty prawa do ich powoływania w toku dalszego postępowania...".
Skuteczne podniesienie
Ostatnia kwestia zasługująca na uwagę, to forma jaka wymagana ma być dla skutecznego podniesienia zarzutu potrącenia. Zgodnie z postanowieniem § 4 art. 2031 KPC w nowym brzmieniu „Zarzut potrącenia może zostać podniesiony tylko w piśmie procesowym. Do pisma tego stosuje się odpowiednio przepisy dotyczące pozwu, z wyjątkiem opłat".