Fundacji nie podoba się propozycja, aby ministrowie nadzorujący organy uprawnione do prowadzenia postępowania przygotowawczego składali Prokuratorowi Generalnemu informacje o działalności tych organów w zakresie postępowania przygotowawczego. Następnie Prokurator Generalny przekładałby informację wraz z własną opinią Prezesowi Rady Ministrów. Tymczasem HFPC postuluje pozostawienie obowiązku przedstawiania corocznego sprawozdania z działalności prokuratury, np. po wcześniejszym jego skonsultowaniu z samorządem prokuratorskim. Brak takiego raportu będzie powodował, że kontrola działalności PG będzie jedynie interwencyjna, oparta m.in. o zapytania czy interpelacje posłów.
Autorzy opinii zwracają uwagę, że zaniżone wymogi wyboru PG i brak mechanizmów merytorycznej weryfikacji działalności prokuratury zostały połączone ze znacznie poszerzonymi kompetencjami w postaci prawa do wydawania poleceń, wytycznych, zarządzeń co do treści czynności procesowej w każdej indywidualnej sprawie prowadzonej przez prokuratora czy prawem do uchylenia lub zmiany decyzji prokuratora podległego. Jednocześnie zwiększeniu wpływu PG na sposób prowadzenia postępowań prokuratorskich, nie towarzyszy wzmocnienie narzędzie chroniących przed naruszeniem prokuratorskiej niezależności, np. poprzez możliwość składania skarg do projektowanej Krajowej Rady Prokuratorów przy Prokuraturze Generalnej.
HFPC krytykuje także pomysł zlikwidowania kadencyjności stanowisk prokuratora regionalnego, okręgowego i rejonowego, co stanowi „istotny mankament w zabezpieczeniu ich niezależności przed naciskami ze strony przełożonych", bowiem „mogą zostać odwołani na mocy decyzji Prokuratora Generalnego w oparciu o dowolne przesłanki", a to może stwarzać ryzyko „dyspozycyjności".
W opinii zaznaczono także, że w myśl projektu Prokurator Generalny uzyskuje szerokie uprawnienia w zakresie prowadzenia polityki kadrowej w prokuraturze, m.in. powołuje i odwołuje kierowników jednostek prokuratury bez konieczności przeprowadzenia jakiegokolwiek otwartego konkursu na to stanowisko.
W konkluzji HPFC stwierdza, iż „za nieprawidłowe należy uznać połączenie urzędu Prokuratora Generalnego z urzędem Ministra Sprawiedliwości". Obawy nadużyć, które uzasadniały rozdział wprowadzony ustawą z 2009 r., pozostają w dalszym ciągu aktualne. – Konieczność zapewnienia sprawnego działania prokuratury nie może pomijać odpowiedniego zabezpieczenia przed wszelkimi wpływali z zewnątrz (zwłaszcza motywowanymi politycznie), które mogą mieć przełożenie na prawa i wolności człowieka – podkreśla Fundacja.
HPFC podsumowuje: „Poszerzenie uprawnień Prokuratora Generalnego, również w odniesieniu do postępowań karnych prowadzonych przez prokuratorów, stwarza poważne zagrożenie dla niezależności prokuratorów prowadzących te postępowania. Projekt nie stwarza przy tym żadnego skutecznego mechanizmu ochrony przed próbami wywierania wpływu na prokuratora przez prokuratora przełożonego". Zdaniem HPFC, zabezpieczenie niezależności prokuratora ma kluczowe znaczenie dla zapewniania odpowiedzialności prokuratora za wynik prowadzonej sprawy. Projekt pomija również zagadnienie zasad etyki zawodowej, które mogłyby na poziomie norm deontologicznych regulować sytuacje związane z konfliktem interesów czy próbami wywierania nacisków na prokuratorów.