Może się zdarzyć, że kwota zapłaconych przez płatników zaliczek na podatek będzie wyższa niż podatek wynikający z zeznania rocznego. Tak może się stać, jeśli w rocznej deklaracji PIT podatnik wykaże odpowiednie ulgi albo też rozliczy się z małżonkiem zarabiającym znacznie więcej lub mniej. Wtedy może się okazać, że wystąpiła nadpłata podatku.
W takiej sytuacji podatnik nie musi występować z żadnym dodatkowym wnioskiem o stwierdzenie takiej nadpłaty ani o dokonanie jej zwrotu. Funkcję takiego wniosku w praktyce spełnia samo zeznanie roczne z wykazaną kwotą nadpłaty. Jeśli podatnik ma zaległości podatkowe, to nadpłata jest automatycznie zaliczana na poczet ich odpowiedniej redukcji.
Urząd skarbowy ma trzy miesiące na zwrot nadpłaty. Termin ten liczy się od dnia złożenia deklaracji. Jeśli jednak przed dokonaniem zwrotu podatnik skoryguje deklarację, termin ten biegnie od dnia złożenia korekty.
W praktyce ubiegłych lat dało się zauważyć, że fiskus premiował szybszymi zwrotami tych podatników, którzy składali zeznania elektroniczne (zwłaszcza legitymujących się Kartami Dużej Rodziny).
Taka praktyka była jednak raczej przejawem dobrej woli fiskusa niż obowiązkiem skarbówki. Nie była bowiem poparta gwarancjami prawnymi dla podatników preferujących e-deklaracje zamiast deklaracji tradycyjnych. Dlatego nie można mieć pewności, czy i w 2017 r. urzędy skarbowe będą tak łaskawe (zwłaszcza że deklaracje elektroniczne składa już wielomilionowa rzesza podatników).
