Na przedsiębiorcy ciąży obowiązek wykorzystania środków finansowych z dotacji zgodnie z celem, na jaki zostały przyznane oraz z obowiązującymi w tym zakresie przepisami prawnymi. Środki wykorzystane niezgodnie z przeznaczeniem, pobrane nienależnie lub w nadmiernej wysokości podlegają zwrotowi do budżetu państwa. Sposób księgowania zwrotu niewykorzystanych środków publicznych zależy od ich uprzedniej ewidencji w momencie przyznania. Jeżeli otrzymaną kwotę dofinansowania uznano za rozliczenia międzyokresowe przychodów, wówczas ich zwrot powinien odpowiednio zmniejszyć to konto. Z kolei, gdy dofinansowanie odniesione było wcześniej na dobro pozostałych przychodów operacyjnych, jego zwrot należy zarachować w ciężar pozostałych kosztów operacyjnych:
• Wn „Rozliczenia międzyokresowe przychodów" lub „Pozostałe koszty operacyjne"
• Ma „Pozostałe rozrachunki"
oraz równolegle
• Wn „Pozostałe rozrachunki"