Wszystkich dziesięciu zabójców wycelowało broń w byłego cara i zaczęło strzelać mu w pierś, która buchnęła krwią. Prawie żaden z zabójców nie strzelał do pozostałych ofiar, które, sparaliżowane strachem, krzyczały histerycznie. Rozpętało się prawdziwe piekło.
Dwunastego lipca w numerze trzecim w hotelu Amerika Gołoszczokin oświadczył członkom prezydium, że Moskwa zatwierdziła plan egzekucji, chociaż z pewnymi zastrzeżeniami. Lenin nadal przemyśliwał nad procesem, ale w końcu doszedł do wniosku, że w obecnej sytuacji rzecz jest niewykonalna. Z treści rozkazów, które otrzymał Jurowski w czasie bytności Gołoszczokina w Moskwie, wynika jasno, że podczas dyskusji ze Swierdłowem i Gołoszczokinem na Kremlu Lenin zgodził się na zamordowanie całej rodziny carskiej. Termin egzekucji pozostawiono do decyzji komisarzy z Uralu, ponieważ zależał on od sytuacji na froncie pod Jekaterynburgiem. Romanowów nie można było bezpiecznie wywieźć, więc gdyby miastu groziło zajęcie przez białych, Rada Uralska miała wolną rękę w wykonaniu rozkazu, z którym Gołoszczokin wrócił do Jekaterynburga. Ustalono, że działacze uralscy użyją kryptonimów: „Proces" miał oznaczać rozstrzelanie, a operacja Jurowskiego otrzymała prozaiczny kryptonim „Kominiarz". „Sami podjęliśmy decyzję – wspominał Wojkow – ponieważ biali zbliżali się do Jekaterynburga".
„15 lipca rozpocząłem przygotowania – pisał Jurowski – bo trzeba było zrobić wszystko szybko. Postanowiłem wziąć tylu ludzi, ilu było rozstrzeliwanych. Zebrałem ich razem, wyjaśniłem, o co chodzi... Trzeba powiedzieć, że rozstrzeliwanie ludzi to nie taka prosta sprawa, jakby się niektórym mogło wydawać". Do przeprowadzenia egzekucji wybrano już wcześniej batalion złożony z Łotyszy i Węgrów. Jurowski musiał teraz wybrać w domu Ipatiewa odpowiednie miejsce. Uznał, że najlepsze będzie pomieszczenie piwniczne o powierzchni 6 na 7,5 metra, oświetlone pojedynczą żarówką i częściowo znajdujące się pod ziemią.
Uwięzieni wiedzieli, że front się zbliża. „Ciągle słychać, jak przejeżdża artyleria... Także wojska maszerujące przy muzyce" – zanotowała Aleksandra. Grzmiały haubice. 14 lipca miejscowy pop, ojciec Iwan Storożew, za zgodą komendanta przyszedł odprawić mszę. Wszyscy członkowie rodziny – dziewczęta ubrane w czarne spódnice i białe bluzki, z włosami sięgającymi już do ramion – padli na kolana i oddali się modlitwie. Storożewa wzruszyła ta żarliwa pobożność: Romanowowie byli głęboko religijni, a gorąca wiara pomagała im dotąd przetrwać wszystkie trudy. Bez względu na to, co myśli się o byłym carze i jego rodzinie, można tylko podziwiać, z jaką cierpliwością, humorem i godnością Romanowowie znosili uwięzienie mimo ciągłych upokorzeń, napięcia i strachu – chociaż wokół nich robiło się coraz posępniej, a pętla się zaciskała. Po nabożeństwie dziewczęta, okazując szczerą bogobojność i nieskazitelne maniery, szepnęły duchownemu: „Dziękujemy".
Ostatnia kolacja
Szesnastego lipca nastał „pochmurny poranek, potem [zrobiła się] piękna słoneczna pogoda". Aleksy był „lekko przeziębiony – pisała Aleksandra – [ale] wszyscy wyszli na dwór na pół godziny". Potem „razem z Olgą przygotowywałyśmy nasze lekarstwa" – co oznaczało, że zaszyły klejnoty i rodzina była gotowa do nagłej zmiany miejsca pobytu. „Codziennie rano przychodzi do nas komendant [Jurowski], wreszcie, po tygodniu, przyniósł jajka dla Dzidziusia".