W swojej działalności może jednak pominąć część przepisów nowelizacji, jeszcze przed wydaniem orzeczenia co do jej konstytucyjności, jeżeli pozwolą na to tzw. reguły kolizyjne. Pominięcie część przepisów ustawowych w procesie stosowania prawa przez wymiar sprawiedliwości nie jest czymś nadzwyczajnym.
Najpoważniejszy dylemat, jaki w przestrzeni publicznej ostatnio postawiono przed Trybunałem Konstytucyjnym – przy wydawaniu orzeczeń zastosować się do ostatniej nowelizacji ustawy o TK czy orzekać na podstawie poprzedniego stanu prawnego – jest z perspektywy legalizmu pozorny. W procesie stosowania prawa wymiar sprawiedliwości może kierować się tylko aktualnym stanem prawnym i nie może „pominąć" nowej regulacji ustawowej, jeżeli nie wynika to wprost z jej treści.
Wbrew jednakże części wygłaszanych publicznie poglądów, wcale nie musi oznaczać to konieczności zastosowania wszystkich norm prawnych, jakie niesie za sobą nowelizacja ustawy o Trybunale Konstytucyjnym. Argumentacja jakoby każda ustawa korzysta z domniemania konstytucyjności a zatem każda norma prawna w niej zawarta powinna być bezwzględnie i w całości zastosowana, stanowiłaby w istocie zaprzeczenie podstawowych zasad ustroju prawnego państwa.
W skrajnych przypadkach Parlament nowelizacją ustawy mógłby w całości zakazać Trybunałowi kontroli konstytucyjności stanowionego prawa lub też wprowadzić czasowy zakaz takiej działalności. Przy takim rozumieniu domniemania konstytucyjności zwykła nowelizacja ustawy mogłaby skutecznie wygasić konstytucyjną działalność Trybunału Konstytucyjnego.
Przyjęcie takiej argumentacji pomijałoby przy tym fakt, iż taki sam obowiązek zastosowania dotyczy wszystkich innych obowiązujących aktów prawnych oraz wynikających z nich norm. Przed wymiarem sprawiedliwości stawia to wcale nierzadko konieczność zmierzenia się ze sprzecznościami zachodzącymi pomiędzy obowiązującymi przepisami zawartymi w różnych obowiązujących aktach prawnych. Taka sytuacja nie jest czymś niespotykanym we współczesnych systemach prawnych. W podanym powyżej przykładzie norma hipotetycznej nowelizacji ustawy, zabraniająca kontroli konstytucyjnej prawa, pozostawałaby w ewidentnej sprzeczności z normą prawną zawartą w Konstytucji, która taką kontrolę Trybunałowi nakazuje.
