Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dyrektor KIS) 7 lutego 2018 r. wydał interpretację dotyczącą zasad opodatkowania podatkiem VAT dostawy budynku handlowo-usługowego (sygn. 0115-KDIT1-3.4012.875. 2017.2.BJ). Wniosek o interpretację złożyła gmina, posiadająca dwukondygnacyjny budynek powstały w 1850 roku, którego stan obecnie wymaga remontu i modernizacji. Przedmiotowy budynek gmina przejęła na własność na mocy decyzji wojewody w lutym 1992 r. Budynek gmina wynajmowała do listopada 2017 r., wystawiała najemcom faktury oraz odprowadzała podatek VAT należny z tego tytułu do urzędu skarbowego. Przez ostatnie 12 lat gmina nie ponosiła wydatków na ulepszenie przedmiotowego budynku, tj. od 2005 r., kiedy to w ramach remontu wymieniono stolarkę okienną i poszycie dachowe.
W związku z planowaną sprzedażą nieruchomości gmina zadała pytanie, czy sprzedaż budynku może korzystać ze zwolnienia z VAT. W jej ocenie, sprzedaż budynku powinna korzystać ze zwolnienia VAT dla dostawy nieruchomości, w stosunku do których podatnikowi nie przysługiwało prawo do odliczenia VAT przy ich nabyciu i jednocześnie nie ponosił on wydatków na ulepszenie nieruchomości, w stosunku do których przysługiwało by prawo do odliczenia, tj. na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10a ustawy o VAT.
Dyrektor KIS nie zgodził się ze stanowiskiem gminy. Organ w uzasadnieniu oparł się na przepisach ustawy o podatku od towarów i usług, dotyczących zwolnienia z opodatkowania dla dostawy nieruchomości zabudowanych, dokonywanych w ramach tzw. pierwszego zasiedlenia. Dyrektor KIS posiłkował się przy tym przepisami unijnymi (Dyrektywa 2006/112) oraz orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE). Organ zaznaczył, że przepisy dyrektywy wprawdzie nie zawierają definicji „pierwszego zasiedlenia", jednak w świetle utrwalonego orzecznictwa TSUE pierwsze zasiedlenie budynku należy rozumieć szeroko jako „pierwsze zajęcie budynku, używanie". W tym kontekście organ powołał się także na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 14 maja 2015 r., sygn. I FSK 382/14, gdzie wskazano, że pod pojęciem pierwszego zasiedlenia należy rozumieć użytkowanie przez pierwszego nabywcę lub użytkownika budynków, budowli lub ich części, po ich wybudowaniu.
Ponadto, organ powołał się na przepis, zgodnie z którym w przypadku dostawy budynku, grunt dzieli jego status podatkowy, ponieważ z podstawy opodatkowania budynków nie wyodrębnia się wartości gruntów. Analiza wskazanych regulacji doprowadziła organ do konkluzji, iż w przypadku gdy możliwe jest zastosowanie zwolnienia z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy, tj. gdy od pierwszego zasiedlenia upłynęły ponad dwa lat, badanie przesłanek wskazanych w art. 43 ust. 1 pkt 10a staje się bezzasadne.
W konsekwencji, zdaniem dyrektora KIS dostawa przedmiotowej nieruchomości będzie korzystała ze zwolnienia z VAT, jednak w oparciu o przepisy inne niż te, które wskazała gmina, tzn. zwolnienie z VAT będzie wynikało z tego, że dostawa przedmiotowej nieruchomości nastąpi już po pierwszym zasiedleniu, od którego upłynęły co najmniej 2 lata. Pomimo iż skutki podatkowe dla obydwu przepisów - zarówno tych, na których opierała się gmina, jak i tych, którymi posiłkował się organ – są tożsame, stanowisko gminy zostało uznane za nieprawidłowe, z powodu powołania się na przepisy prawne, które w omawianej sytuacji nie mogły mieć zastosowania.
