Najczęściej podnoszony zarzut co do jakości operatu dotyczy złego doboru nieruchomości, z którymi rzeczoznawca dokonuje porównania. Powinny one mieć podobne cechy, np. dostęp do drogi publicznej, powierzchnię czy położenie. Nie zawsze jednak tak jest. Nierzadko w operatach sporządzanych z wykorzystaniem metody porównawczej nie ma dobrze opisanych nieruchomości, z którymi zestawia się wycenianą działkę. Pod uwagę bierze się czasami nawet takie, w wypadku których już na pierwszy rzut oka widać, że jedna ma się do drugiej jak pięść do oka.
Rzeczoznawcy potrafią też nie uwzględniać w wycenie wad danej nieruchomości, np. tego, że nie ma ona dostępu do drogi publicznej i żeby do niej dojechać, trzeba korzystać ze służebności.
Firmy, by zbić podwyżkę, na każdym kroku starają się również wykorzystać możliwości, jakie dają im przepisy. Przede wszystkim chodzi o ustawę o gospodarce nieruchomościami i zaliczenie nakładów poniesionych na nieruchomość na poczet rocznej opłaty. Dzięki temu skutecznie można ją obniżyć. Niestety, przepisy nie są precyzyjne i na tym tle dochodzi do sporów. Jednym z nich zajmie się wkrótce Sąd Najwyższy. Z pytaniem prawnym zwrócił się do niego Sąd Apelacyjny w Warszawie. Trafiło tam odwołanie władz stolicy. Chciały one zaktualizować roczną opłatę z tytułu użytkowania wieczystego. Podwyżka wyniosła 1,2 mln zł. Użytkownikiem wieczystym była zaś spółka, która wybudowała centrum konferencyjno-biurowe. Spółka zażądała od miasta zaliczenia na poczet aktualizacji poniesionych przez nią nakładów, czyli prawie 900 tys. zł. Tyle kosztowała ją przebudowa sieci wodociągowej, ciepłowniczej i infrastruktury drogowej. Dzięki temu podwyżka wyniosłaby już tylko 300 tys. Miasto odmówiło jednak uwzględnienia nakładów. Tłumaczyło, że nie pozwala na to art. 77 ust. 4 i 6 ustawy o gospodarce nieruchomościami. Z tych przepisów jasno wynika, że na poczet aktualizacji opłaty z tytułu użytkowania wieczystego nie zalicza się nakładów poniesionych przed pierwszą aktualizacją, ale dopiero gdy ma nastąpić druga podwyżka rocznej opłaty. Spółka odwołała się do Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Warszawie i wygrała. Miasto z kolei odwołało się do Sądu Okręgowego, a ten oddalił powództwo. Uznał, że spółka miała prawo do zaliczenia nakładów na poczet aktualizacji. Odrzucił zarzut miasta, że roszczenie o rozliczenie nakładów jest spóźnione. Zdaniem sądu dopóki nie zakończyło się postępowanie aktualizacyjne, dopóty spółka ma czas na zgłoszenie roszczenia o zaliczenie nakładów. Miasto się nie poddało i wniosło apelację. Sąd Apelacyjny w Warszawie nabrał jednak wątpliwości prawnych, czy zaliczenie nakładów poniesionych przez użytkownika wieczystego przed pierwszą aktualizacją można zaliczyć na jej poczet czy też nie. Postanowił zwrócić się w tej sprawie z pytaniem prawnym do SN.
