Prof. Marek Kwiatkowski został kustoszem Pałacu na Wyspie w Łazienkach Królewskich w 1960 roku. Przez wiele lat pełnił funkcję dyrektora zespołu pałacowo-ogrodowego Łazienki Królewskie.

Stworzył także prywatne muzeum, skansen budownictwa staropolskiego, Muzeum Architektury Drewnianej Regionu Siedleckiego w Suchej koło Węgrowa. W 2003 r. Kwiatkowski otrzymał tytuł Honorowego Obywatela m. st. Warszawy (a także Honorowego Obywatela Powiatu Węgrowa), w 2005 r. został odznaczony Złotym Medalem Zasłużony Kulturze Gloria Artis.

Marek Kwiatkowski był autorem licznych publikacji, w tym 15 poświęconych Warszawie, organizował także wystawy i ekspozycje muzealne.