Arcybiskup Józef Kowalczyk, emerytowany prymas Polski, były nuncjusz apostolski, a wcześniej wieloletni pracownik watykańskiego Sekretariatu Stanu i współpracownik Jana Pawła II, nigdy nie został pozyskany przez organy bezpieczeństwa PRL. „Rzeczpospolita" dotarła do nieznanych dotychczas dokumentów, które potwierdzają, że jako kontakt informacyjny (KI) był on zarejestrowany „na wyrost" i mimo wielu prób werbunku współpracy z wywiadem odmówił.
Sprawa rzekomej współpracy abp. Kowalczyka z wywiadem PRL jako kontaktu informacyjnego wywiadu o pseudonimie Cappino wypłynęła prawie dziesięć lat temu. Pod koniec 2008 r. abp Kowalczyk, będący wówczas nuncjuszem apostolskim w Polsce, poprosił Komisję Historyczną Metropolii Warszawskiej o zbadanie ewentualnych materiałów w IPN dotyczących jego osoby. Na początku 2009 r. komisja ujawniła wyniki pracy. Ustaliła, że ks. Józef Kowalczyk był inwigilowany przez SB co najmniej od 1963 r., a gdy wyjechał do pracy w Rzymie, znalazł się w centrum zainteresowania Departamentu I Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (wywiad). 15 grudnia 1982 r. został zarejestrowany jako KI (pseudonim Cappino).
„(...) istniejące materiały nie zawierają żadnych przesłanek wskazujących na współpracę ks. prał. Józefa Kowalczyka z organami bezpieczeństwa PRL" – uznała wtedy komisja.
Jej orzeczenie nie zamknęło sprawy zwłaszcza, że kilka dni później „Rzeczpospolita" ujawniła, że w IPN znajdują się szyfrogramy z rezydentury wywiadu w Rzymie, które powstały z wykorzystaniem źródła „Cappino". W adnotacji odnoszącej się do KI napisano: „Źródło sprawdzone. Informacja wiarygodna". Według Sławomira Cenckiewicza istniało co najmniej 11 takich szyfrogramów, które powstały między czerwcem 1982 r. a listopadem 1983 r. Historyk pisał, że w miarę pełnej oceny kontaktów byłego dziś nuncjusza będzie można dokonać po żmudnej kwerendzie archiwalnej, a w „rekonstruowaniu przypadku »Cappina« niezbędne jest sięgnięcie po akta osobowe funkcjonariuszy SB, którzy na przestrzeni lat stykali się z tą sprawą (...)".
W 2010 r. „Rz" dotarła do raportu płk. Edwarda Spyry, który odpowiadał w wywiadzie za Watykan. W marcu 1986 r., podsumowując pracę agentury, pisał on, że „Cappino" został zarejestrowany „na wyrost" i był tylko „kontaktem przykrycia" oficera wywiadu.
