Obecnie na tym tle często dochodzi do wieloletnich sporów, które z reguły mają finał w sądzie. Firmom zależy na tym, by zaliczyć jak najwięcej inwestycji na poczet nakładów. Gminy lub starostwa chcą zaś „wycisnąć" z takiego właściciela biurowca czy galerii handlowej jak najwięcej pieniędzy. W przyszłym miesiącu spory może i znikną, ale kosztem firm. Do samorządowych kas wpłynie zaś więcej pieniędzy z tytułu rocznej opłaty.
To jednak nie wszystkie zmiany, jakie czekają użytkowników wieczystych od przyszłego miesiąca. Będzie ich jeszcze kilka, nie są już one jednak niekorzystne, jak ta dotycząca zaliczania nakładów na poczet rocznej opłaty. Mają raczej charakter jedynie precyzujący. Nowela reguluje również sposób rozliczania opłat rocznych, gdy doszło do sprzedaży prawa użytkowania wieczystego w trakcie roku kalendarzowego. W takim wypadku opłatę w całości będzie wnosiła osoba będąca użytkownikiem w dniu 1 stycznia roku, za który roczna opłata obowiązuje.
Natomiast sposób wzajemnych rozliczeń strony transakcji będą mogły określić w umowie przenoszącej prawo użytkowania wieczystego z jednego podmiotu na drugi. Dotychczas nie było żadnych uregulowań w tej sprawie. Dochodzi więc do sporów. Sądy zazwyczaj nakazywały samorządom zwrot – sprzedającemu prawo użytkowania – części rocznej opłaty. Natomiast gminy i starostwa nie miały praktycznie żadnych szans, by „ściągnąć" zwróconą część opłaty z firmy czy osoby, która kupiła prawo użytkowania wieczystego nieruchomości.
W ustawie o gospodarce nieruchomościami pojawi się również przepis, który raz na zawsze rozstrzygnie inny problem związany z aktualizacją rocznych opłat. Mianowicie chodzi o przesądzenie, czy ugodę w sprawie podwyżki rocznej opłaty zawiera się przed samorządowym kolegium odwoławczym, czy też strony robią to na własną rękę i następnie zawiadamiają o ugodzie samorządowe kolegium odwoławcze, przed którym toczy się spór w tej sprawie. Obecnie nie jest to przesądzone. Nowela opowiada się za pierwszą wersją, czyli za zawieraniem ugody na własną rękę. Nowe przepisy przewidują, że gminy i starostwa będą mogły sprzedać bez przetargu nieruchomość użytkownikowi wieczystemu, który nie zdecydował się na przedłużenie tego prawa, zanim ono wygasło.
W praktyce się zdarza, że użytkownicy wieczyści mimo zbliżającego się upływu okresu, na jaki ustanowiono prawo użytkowania wieczystego, nie zadbali o złożenie wniosków o jego przedłużenie. Efekt jest taki, że tracą działkę. Wówczas gmina lub starostwo musi zapłacić im za budynki, które wybudowali. Następnie „odzyskaną" działkę samorząd sprzedaje lub oddaje w użytkowanie, ale wyłącznie w formie przetargu. Podmiotowi, który ją do tej pory użytkował, nie przysługuje prawo pierwszeństwa ani nabycia, ani ustanowienia prawa użytkowania wieczystego.
