Samorządy wdrażając centralizację VAT opierają się na rozliczeniach przygotowywanych przez poszczególne jednostki organizacyjne. Te przygotowują „deklaracje cząstkowe", na podstawie których przygotowywana jest „deklaracja scentralizowana".
Nierzadko okazuje się, że z punktu widzenia samorządu lub konkretnej jednostki organizacyjnej kwota podatku do odliczenia jest na tyle niska, że decyduje się ona nie korzystać z prawa do odliczenia. Ze strony samorządowców można spotkać się z argumentem, że odliczenie VAT wygenerowałoby nieproporcjonalny nakład pracy związany z obliczeniem i stosowaniem pre-współczynnika i współczynnika.
Nie zagłębiając się w kwestię potencjalnej odpowiedzialności za zachowanie dyscypliny finansów publicznych związanej z rezygnacją z odliczenia VAT przez samorząd, prawo do odliczenia VAT jest przywilejem, a nie obowiązkiem podatników. Rezygnacja jednakże nie wpływa na ich obowiązek naliczania VAT od dokonywanych dostaw i świadczonych usług. W praktyce samorządowej zaczęto nawet mówić w odniesieniu do jednostek organizacyjnych o „jednostronnych podatnikach VAT" – tj. tych jednostkach organizacyjnych, które zrezygnowały z odliczenia i tylko naliczają VAT oraz „dwustronnych podatnikach VAT" – tj. naliczających i odliczających VAT.
Problem występuje w sytuacjach, gdy „jednostronnym podatnikiem VAT" jest jednostką organizacyjną, która jest stroną umów z innymi podmiotami np. wynajmuje lokal, a umowa przewiduje dodatkowo pokrywanie przez najemcę kosztów eksploatacyjnych. W takiej sytuacji jednostka organizacyjna nie odlicza VAT od nabywanych mediów, a następnie nalicza podatek przy ich refakturze. Żeby samorząd nie ponosił ciężaru podatku, podatek kalkulowany jest od kwoty opłat brutto, która została zapłacona przy nabyciu mediów. W efekcie najemca zostaje ekonomicznie podwójnie obciążony podatkiem.
W praktyce skutki takiego podejścia dotykają przede wszystkim organizacje non-profit, którym zasadniczo nie przysługuje prawo do odliczenia, a utrzymują się z dotacji oraz darowizn i nie mają możliwości pozyskania finansowania na pokrycie nienależnie podwyższonych opłat.