Procedury kontrolne w ramach systemu wdrażania środków Unii Europejskiej mają zapobiegać zarówno nadużyciom ze strony beneficjentów, jak i występowaniu nieprawidłowości po stronie podmiotów zaangażowanych w system wdrażania środków europejskich – instytucji zarządzającej (IZ), instytucji pośredniczącej (IP), czy instytucji wdrażającej (IW). Do obowiązków instytucji udzielającej dofinansowania należy przede wszystkim konieczność terminowego rozpatrywania wniosków o płatność oraz wypłaty środków. Nieprawidłowością po stronie organu może być więc zwłoka w wypłacie środków unijnych, która może prowadzić do powstania szkody po stronie beneficjenta polegającej na braku możliwości realizacji projektu.