Zasadą jest, że od decyzji instytucji pośredniczącej (IP) lub instytucji wdrażającej (IW) w sprawie zwrotu środków pochodzących z funduszy unijnych, beneficjentom przysługuje odwołanie, które można złożyć do właściwej instytucji zarządzającej (IZ). Od zasady tej przewidziano wyjątek dotyczący m.in. sytuacji, w której decyzję wydaje IZ – wtedy beneficjent może zwrócić się z wnioskiem o ponowne rozpatrzenie sprawy do organu, który wydał decyzję. Jeżeli odwołanie lub wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy nie doprowadziły do zmiany decyzji, beneficjent może zaskarżyć decyzję o zwrocie dofinansowania do właściwego wojewódzkiego sądu administracyjnego w ramach kontroli sądowoadministracyjnej.