Spór w sprawie dotyczył podatkowych konsekwencji zmiany umowy spółki. We wniosku o interpretację spółka z o.o. wyjaśniła, że nadzwyczajne zgromadzenie wspólników podjęło uchwałę o połączeniu z inną spółką z o.o.
Połączenie nastąpiło poprzez przeniesienie całego majątku spółki przejmowanej na spółkę przejmującą bez podwyższenia kapitału zakładowego. Firma tłumaczyła jednak, że planuje podwyższyć kapitał zakładowy ze środków własnych, przeznaczając na ten cel środki z kapitału zapasowego. Środki na kapitale zapasowym przed połączeniem stanowiły kapitał zakładowy spółki przejętej i od tych środków w związku z podwyższaniem kapitału został zapłacony podatek od czynności cywilnoprawnych. Połączenie nastąpiło zaś bez podwyższenia kapitału zakładowego spółki przejmującej, a środki stanowiące kapitał zakładowy przejmowanej zasiliły kapitał zapasowy przejmującej.