NIK, kontrolując wszystkie funkcjonujące policyjne izby dziecka w kraju, sprawdziła, czy w następstwie wprowadzonych regulacji prawnych i zmian organizacyjnych, stworzono w nich warunki umożliwiające bezpieczny i zgodny z obowiązującymi przepisami prawa, pobyt nieletnich.
NIK ocenia, że reorganizacja policyjnych izb dziecka nie przyniosła przewidywanych efektów, w zakresie zmiany i wyrównania w skali kraju warunków panujących w poszczególnych placówkach. Pomimo upływu ponad trzech lat od reorganizacji, ze względu na ograniczenia finansowe, niemal połowa placówek nie odpowiadała części wymaganiom stawianym tego typu obiektom. Młodzi ludzie nie mieli np. możliwości korzystania z zajęć ruchowych na świeżym powietrzu, nie wydzielono im też miejsc do kontaktu z rodzicami, opiekunami bądź obrońcą. Pobyt w Policyjnej Izbie Dziecka w Poznaniu stanowił wręcz zagrożenie dla zdrowia lub życia przebywających tam nieletnich, ze względu na zły stan techniczny pomieszczeń oraz brak ochrony przeciwpożarowej. Ze względu na ujawniony podczas kontroli NIK zły stan techniczny pomieszczeń Policyjnej Izby Dziecka w Poznaniu, działalność tej placówki została zawieszona.
Ponadto NIK zwraca uwagę na to, że wbrew prawu zagwarantowanemu w Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej, ustawie o postępowaniu w sprawach nieletnich oraz w Konwencji o Prawach Dziecka, we wszystkich policyjnych izbach dziecka kontakt nieletnich z bliskimi lub obrońcą był możliwy wyłącznie za zgodą sądu, kierownika izby lub policjanta prowadzącego sprawę. Ograniczenia te zostały wprowadzone na podstawie Regulaminu stanowiącego załącznik do rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych w sprawie policyjnych izb dziecka. W policyjnych izbach dziecka w Olsztynie, Gdańsku i Bydgoszczy oraz w Warszawie wystąpiły przypadki nieudzielania zgody na odwiedziny rodziców, obrońcy lub opiekuna nieletnich, a w Białymstoku nieletniemu odmówiono nawet kontaktu telefonicznego z rodzicem.
Tylko w co piątej skontrolowanej placówce, kontakt z rodzicami, obrońcą lub opiekunem odbywał się bez udziału funkcjonariusza. Kierownicy pozostałych placówek wyjaśniali jego obecność w czasie takich spotkań, koniecznością przestrzegania zarządzenia Komendanta Głównego Policji w sprawie metod i form wykonywania zadań w policyjnej izbie dziecka, w myśl którego „policjantom pełniącym służbę w izbie zabrania się pozostawiania bez nadzoru nieletnich umieszczonych w izbie". W ocenie NIK, każdorazowa obecność funkcjonariusza podczas odwiedzin narusza art. 49 Konstytucji RP traktujący o wolności i ochronie tajemnicy komunikowania się. W policyjnych izbach dziecka byli umieszczani nieletni zarówno podejrzani o popełnienie czynów karalnych, jak też zatrzymani tylko z powodu samowolnego oddalenia się poza schronisko czy ośrodek wychowawczy, a więc ich prawa powinny podlegać odmiennym ograniczeniom.
W policyjnych izbach dziecka nie określono formalnych procedur umożliwiających nieletnim skorzystanie z prawa do złożenia skargi lub wniosku. W większości placówek (ponad 60 proc.), zatrudnieni w nich funkcjonariusze policji deklarowali, że nieletni mogą złożyć skargę ustnie lub pisemnie i w tym celu zostają im udostępnione materiały papiernicze. W Poznaniu, Białymstoku, Olsztynie, Opolu, Rzeszowie, Warszawie, i Gorzowie Wlkp., nieletnim umożliwiono składanie próśb, skarg i wniosków do kierownika izby lub wyznaczonego przez niego policjanta, poprzez wpis do książki skarg i wniosków. W Policyjnej Izbie Dziecka w Białymstoku takiego wpisu dokonywał funkcjonariusz. Przyjęte rozwiązania nie gwarantowały nieletnim możliwości zgłaszania skarg i wniosków w sposób swobodny, bez ich cenzurowania. W latach objętych kontrolą, nieletni złożyli tylko jedną skargę na funkcjonowanie policyjnej izby dziecka.
Ponadto w większości policyjnych izb dziecka (ponad 60 proc.) stosowano rozwiązania, które nie gwarantowały poszanowania intymności i godności młodocianych. Na przykład w Gdańsku drzwi do pokoju sanitarnego były wyposażone w szybę, przez którą można było obserwować nieletniego w trakcie czynności sanitarnych i fizjologicznych, a jednocześnie prysznice nie były oddzielone zasłonami ani przepierzeniami.