Sposób rozliczenia dla potrzeb VAT zaliczek oraz dokumentujących je faktur, w szczególności wystawionych przedwcześnie lub niezapłaconych przez kontrahentów, wciąż budzi wiele wątpliwości podatników.
Zgodnie z przepisami ustawy o VAT podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury zaliczkowej nie później niż 15. dnia miesiąca następującego po otrzymaniu zaliczki (art. 106i ust. 2) oraz nie wcześniej niż 30. dnia przed jej otrzymaniem (art. 106i ust. 7 pkt 2). Jakkolwiek wystawienie faktury nie ma wpływu na powstanie obowiązku podatkowego z tytułu zaliczki, jednak w określonej sytuacji może spowodować obowiązek zapłaty podatku wynikającego z takiej faktury (art. 108 ustawy o VAT).