Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w wy- roku wydanym 29 maja 2013 r. (I SA/Ol 90/13).
Stan faktyczny
W rozpatrywanej sprawie dyrektor urzędu kontroli skarbowej decyzją z lipca 2012 r. określił spółce kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na miesiąc następny za wrzesień, październik i listopad 2006 r. oraz zobowiązanie podatkowe za grudzień 2006 r. Określił także podatek do wpłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT za październik, listopad i grudzień 2006 r. z tytułu wystawienia pustych faktur.
W odwołaniu pełnomocnik podatnika podniósł zarzut przedawnienia. Organowi podatkowemu zarzucił, że nikt z osób zarządzających spółką nie został powiadomiony o wszczęciu w sprawie postępowania karnego skarbowego. Prezesa wezwano na 5 stycznia 2012 r. do urzędu i dopiero wtedy przedstawiono mu zarzut popełnienia przestępstwa. Nastąpiło to zatem już po okresie przedawnienia.
Izba Skarbowa stwierdziła z kolei, że prezesa zarządu spółki powiadomiono o wszczęciu 15 grudnia 2011 r. dochodzenia karnego skarbowego w sprawie uszczuplenia VAT. Postanowienie o przedstawieniu prezesowi zarzutu popełnienia przestępstwa skarbowego sporządzono 16 grudnia 2011 r., zaś 22 grudnia 2011 r. został on telefonicznie powiadomiony o prowadzonym postępowaniu przygotowawczym. Nastąpiło zatem zawieszenie biegu terminu prze dawnienia zobowiązań podatkowych spółki.
Organ odwoławczy wskazał jednocześnie na wydaną przez skład siedmiu sędziów uchwałę NSA z 29 czerwca 2009 r. (I FPS 9/08), z której wynika, że art. 70 § 1 ordynacji podatkowej ma zastosowanie do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy w VAT przekształcił się w kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 21 ust. 1 ustawy o VAT. Tym samym kwestię przedawnienia nadwyżek podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na miesiąc następny należy rozpatrywać na równi z zobowiązaniem podatkowym, czyli z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. A zatem w rozpatrywanej sprawie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za miesiące od września do listopada 2006 r., traktowane na równi ze zobowiązaniem, ulegają przedawnieniu 31 grudnia 2011 r., zaś zobowiązanie podatkowe za grudzień 2006 r. ulega przedawnieniu 31 grudnia 2012 r.