Przepisy nie definiują pojęcia „refakturowanie". Charakter i konstrukcja tej czynności zostały wypracowane przez doktrynę i praktykę gospodarczą. Wzajemne rozliczenie między kontrahentami w formie refakturowania dopuszcza wynikająca z art. 3531 k.c. zasada swobody umów. Strony zawierające umowę mogą bowiem ułożyć stosunek prawny według swego uznania, byleby jego treść lub cel nie sprzeciwiały się właściwości (naturze) stosunku, ustawie ani regułom współżycia społecznego.
Istota refakturowania została określona w art. 353 k.c., który przewiduje, że świadczeniem jest zachowanie się dłużnika (polegające na działaniu lub zaniechaniu) określone w treści zobowiązania i czyniące zadość interesom wierzyciela. Refakturowanie jest zatem specyficznym świadczeniem rozumianym nie tyle jako fizyczne wykonanie określonej usługi, ile doprowadzenie do realizacji tej usługi i wzięcie za nią odpowiedzialności.
W sensie ekonomicznym (podatkowym) refakturowanie polega na odsprzedaży usług obcych przez podatnika mającego status podmiotu świadczącego daną usługę. Natomiast w znaczeniu technicznym refakturowanie można porównać z dostawami łańcuchowymi, o których mowa w art. 7 ust. 8 ustawy o VAT, gdzie następujące po sobie transakcje dotyczą tego samego towaru, który (przemieszczany bezpośrednio od dostawcy do finalnego odbiorcy) po drodze jest przedmiotem kolejnych zafakturowanych i opodatkowanych dostaw. Przyjmuje się, że dostawę zrealizował każdy z podmiotów, który brał udział w tych czynnościach. Podmiot refakturujący nabywa usługę we własnym imieniu (nie będąc jej faktycznym beneficjentem), a następnie odsprzedaje ją ostatecznemu nabywcy, na którego rachunek działa (konsumentowi, na rzecz którego świadczy inną zasadniczą usługę, np. najmu lokalu biurowego) w stanie nieprzetworzonym, bez zmiany charakteru tej usługi. To, kiedy usługa może być refakturowana, a kiedy jest elementem kalkulacyjnym rozliczanym w ramach usługi głównej, zależy każdorazowo od treści stosunku prawnego oraz umowy będącej jego podstawą. Jednak bez względu na zapisy umowne niektórych świadczeń nie można refakturować. Dotyczy to należności publicznoprawnych, które zawsze stanowią element kalkulacyjny ceny za najem (vide wyrok WSA w Warszawie z 6 grudnia 2012 r., III SA/Wa 628/12; interpretacje indywidualne: Izby Skarbowej w Warszawie z 20 sierpnia 2013 r., IPPP1/443-554/13-2/ISZ; Izby Skarbowej w Poznaniu z 26 maja 2010 r., ILPP2/443-357/10-3/SJ).
Istotne jest również to, czy dane świadczenia są tak ściśle związane, że obiektywnie tworzą jedno niepodzielne świadczenie gospodarcze, którego rozdzielenie miałoby sztuczny charakter (por. wyrok NSA z 19 czerwca 2013 r., I FSK 252/13; wyrok NSA z 9 października 2013 r., I FSK 1306/12; wyrok NSA z 13 stycznia 2015 r., I FSK 1913/13). Daną czynność należy uznać za składnik kalkulacyjny ceny usługi kompleksowej, jeżeli nie jest ona dla klienta celem samym w sobie, lecz środkiem do lepszego wykorzystania usługi zasadniczej (por. wyrok Trybunału Sprawiedliwości z 17 stycznia 2013 r., C- 224/11).
Na podstawie umowy
Z refakturowaniem usług możemy mieć również do czynienia, gdy kontrahenci umówią się, że jeden z nich poniesie określone koszty, a następnie przeniesie je na drugiego. Dzieje się tak, gdy jeden z kontrahentów może wynegocjować niższą cenę, np. z uwagi na to, że cyklicznie kupuje wiele usług od danego dostawcy. Odsprzedając usługi na rzecz ich faktycznego odbiorcy (konsumenta), refakturujący może doliczyć do pierwotnej ceny (netto) swoją marżę. VAT należny na refakturze powinien być obliczany od wartości netto refakturowanych usług i ewentualnie doliczonej marży. Błędne jest natomiast naliczanie przez refakturującego podatku należnego od kwoty brutto z faktury pierwotnej. Zdarza się również, że refakturujący nie nalicza marży, gdyż zysk na transakcji uwzględnia już w cenie usługi podstawowej. Gdy refakturujący nie dolicza swojej marży, mamy do czynienia ze zwrotem kosztów poniesionych przez prawnego usługobiorcę, czyli przeniesieniem tych kosztów w drodze refaktury na faktycznego nabywcę.
