Tym samym istnieją przesłanki uznania, że mimo wyłączenia z oddziału zobowiązań (tj. długów) przenoszone składniki majątkowe nadal będą stanowiły zorganizowaną część przedsiębiorstwa. Kluczowe znaczenie ma bowiem to, aby zbywane składniki majątkowe nadal były wyodrębnione organizacyjnie i finansowo i nadawały się do realizacji określonych działań (tutaj usług transportowych) oraz same z siebie z dnia na dzień mogły funkcjonować jako przedsiębiorstwo.
Prawidłowość tego stanowiska potwierdza np. NSA w wyroku z 12 maja 2011 r. (II FSK 2222/09). W orzeczeniu tym czytamy, że „definicja ZCP nie wymaga, aby bezwzględnie wszystkie zobowiązania musiały wchodzić w skład zbywanego majątku, lecz tylko te, bez których ZCP traci swój funkcjonalny charakter". Podobnie orzekł NSA w wyroku z 15 maja 2012 r. (I FSK 1223/11) oraz w wyroku z 20 marca 2012 r. (I FSK 815/11).
Analogiczne stanowisko zajmują organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych. Przykładowo Izba Skarbowa w Katowicach w interpretacji z 17 lutego 2014 r. (IBPP4/443-605/13/LG) stwierdziła, że: „(...) nie ma podstaw do przyjęcia, iż przeniesienie zobowiązań (długów, wierzytelności) jest tą okolicznością, która decyduje bądź współdecyduje o możliwości wyłączenia z opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Nawet więc jeśli zobowiązania i należności nie zostaną przeniesione, nie oznacza to, że zbywana masa majątkowa nie może być uznana za zorganizowaną część przedsiębiorstwa. Istotne znaczenie ma bowiem ocena, czy ta zbywana część przedsiębiorstwa jest zdolna do prowadzenia niezależnej działalności gospodarczej".
Część organów podatkowych prezentuje jednak stanowisko odmienne. I tak Izba Skarbowa w Poznaniu w interpretacji z 25 października 2013 r. (ILPP1/443-640/13-5/JSK) stwierdziła, że wyłączenie z masy majątkowej tak istotnych elementów jak wartość zobowiązań pozbawia wydzielony kompleks majątkowy cech zorganizowanej jego części, powodując jednocześnie, że nie posiada ona potencjalnej zdolności do niezależnego działania jako samodzielny podmiot gospodarczy.
Pogląd ten należy uznać za błędny. Zauważmy bowiem, że ustawodawca w przepisach podatkowych nie uzależnia tego, czy mamy do czynienia ze sprzedażą zorganizowanej części przedsiębiorstwa (a nie ze zbiorem poszczególnych składników majątkowych), od okoliczności przejścia zobowiązań na nabywcę. Tym samym kwestia przejścia na nabywcę zobowiązań zbywcy nie powinna mieć decydującego wpływu na ustalenie, czy mamy do czynienia ze zbyciem zorganizowanej części przedsiębiorstwa. To, że zobowiązania nie przechodzą na nabywcę, nie determinuje ustalenia, czy transakcja dotyczy zbycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Aby uznać transakcję za zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa, zbywaną część majątku musi cechować samodzielność, tj. zorganizowana część przedsiębiorstwa powinna mieć zdolność wykonywania samodzielnie zadań gospodarczych, tak jakby była samodzielnym podmiotem prawa.
Autorka jest doradcą podatkowym, kierownikiem zespołu VAT w ECDDP sp. z o.o.