W procedurze podatkowej rozróżnia się kontrolę podatkową i kontrolę celno-skarbową. Kontrola podatkowa prowadzona jest na podstawie przepisów ordynacji podatkowej, a kontrolę celno-skarbową regulują przepisy o Krajowej Administracji Skarbowej, tzw. „KAS”.

W sprawach nieuregulowanych przez KAS do czynności kontrolnych zastosowanie mają przepisy ordynacji podatkowej. Zgodnie z uregulowanymi procedurami naczelnik urzędu skarbowego prowadzi wyłącznie kontrolę podatkową, a naczelnik urzędu celno-skarbowego jest uprawniony do prowadzenia kontroli celno-skarbowej.