Podatnicy, którzy zdecydują się skorzystanie z estońskiego CIT, wejdą (fakultatywnie) w całkowicie nowy, wcześniej nieznany w Polsce system rozliczeń, który wiąże dochód do opodatkowania z kategoriami prawa bilansowego i odracza moment powstania obowiązku podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych zasadniczo na moment wypłaty zysku.
Estoński CIT nawiązuje do konstrukcji podatku dochodowego stosowanego w Estonii, gdzie spółki płacą podatek dochodowy dopiero w momencie wypłaty zysku wspólnikom lub w momencie przeprowadzenia operacji zrównanych w skutkach podatkowych z wypłatą zysku.