Obowiązkowe ujednolicenie rozliczeń VAT jednostek samorządu terytorialnego (j.s.t.) i ich jednostek organizacyjnych, obowiązujące od 1 stycznia 2017 r. przysporzyło wiele dodatkowej pracy i związanych z tym wątpliwości. W szczególności dotknęło to jednostki organizacyjne j.s.t. korzystające w większości przypadków ze zwolnienia podmiotowego z VAT przed obowiązkową centralizacją w samorządach (np. ośrodki pomocy społecznej, jednostki oświatowe), które musiały zmierzyć się z rozliczeniami VAT, przypisanymi do własnej, wydzielonej działalności w ramach jednego podatnika VAT.
Nowe obowiązki
Tym samym na pracowników tych jednostek organizacyjnych nałożono kolejne obowiązki w postaci konieczności przypisania każdego z elementów działalności jednostki do trzech kategorii świadczeń: podlegających opodatkowaniu VAT, zwolnionych z VAT lub niepodlegających uregulowaniom ustawy o VAT i związanymi z tym skutkami dla rozliczeń samorządu (wykazywaniem VAT należnego i naliczonego w deklaracji cząstkowej danej jednostki).
Z uwagi na fakt, że samorządy pomimo centralizacji na potrzeby VAT nadal pozostały specyficznym podmiotem występującym w dwóch reżimach prawnych tj. jako podatnik VAT lub jako organ władzy publicznej – wątpliwości co do klasyfikacji świadczeń w poszczególnych jednostkach organizacyjnych zostały w naturalny sposób zwiększone. O ile przed centralizacją również można było mieć wątpliwości odnośnie oceny różnych form aktywności jednostek, to w praktyce nie miały one znaczenia, gdyż każda jednostka organizacyjna, traktowana wtedy jako odrębny podatnik, mogła zazwyczaj korzystać ze zwolnienia podmiotowego. W efekcie rozliczanie podatku nie było konieczne.
W wyniku centralizacji, do rozliczeń VAT w j.s.t. zostali „wciągnięci" pracownicy jednostek organizacyjnych, którzy nigdy nie mieli do czynienia z regulacjami dotyczącymi podatku od towarów i usług. W związku z tym samorządy czekało trudne zadanie w postaci przeszkolenia swoich pracowników, przygotowania stosownych procedur i zadbanie, by rozliczenia VAT j.s.t. – nie stanowiły istotnej przeszkody w funkcjonowaniu jednostek organizacyjnych i samorządu jako całości.
W tym zakresie samorządy powinny otrzymać jako podatnicy VAT istotne wsparcie ze strony Państwa w postaci jednoznacznych wytycznych co do klasyfikacji poszczególnych przejawów ich działalności na potrzeby rozliczeń VAT. Samorządy w dalszym ciągu mają jednak duże wątpliwości – o czym świadczy liczba wniosków o wydanie interpretacji indywidualnej w przedmiotowych kwestiach.