W kontekście podatku dochodowego, gdy wspólnikiem (akcjonariuszem) jest osoba fizyczna, zbywająca udziały (akcje) – uzyskana przez nią zapłata z tytułu sprzedaży udziałów (akcji) kwalifikowana jest do przychodów z kapitałów pieniężnych. Za datę powstania przychodu z tytułu odpłatnego zbycia udziałów lub akcji (w wartości wyrażonej w cenie określonej w umowie, pomniejszonej o koszty odpłatnego zbycia) uznaje się dzień przeniesienia na nabywcę (innego wspólnika/akcjonariusza, osobę trzecią lub spółkę akcyjną) własności udziałów albo akcji (art. 17 ust. 1ab pkt 1 w zw. z ust. 1 pkt 6 lit. a oraz art. 19 ust. 1 ustawy o PIT). Ponadto, jeżeli jest możliwa identyfikacja udziałów (akcji), przychód z tytułu ich zbycia powinien być przypisany bezpośrednio do wartości nabycia tych samych zbywanych udziałów (akcji). Tylko taki sposób postępowania daje bowiem gwarancję ustalenia dochodu do opodatkowania w prawidłowej wysokości. Natomiast w przypadku braku możliwości identyfikacji zbywanych udziałów lub akcji (nabytych w różnych terminach i po różnej cenie emisyjnej) przyjmuje się, że kolejno są to udziały (akcje) począwszy od nabytych najwcześniej (metoda FIFO) (art. 30a ust. 3 w zw. z art. 30b ust. 7 ustawy o PIT). Ponadto, zgodnie z art. 24 ust. 10 ustawy o PIT, w razie odpłatnego zbycia papierów wartościowych (akcji) nabytych po różnych cenach i nie jest możliwe określenie ceny nabycia zbywanych papierów, przy ustalaniu dochodu z takiej sprzedaży stosuje się zasadę, że każdorazowo zbycie dotyczy kolejno papierów wartościowych nabytych najwcześniej. Zatem o możliwości ustalenia dochodu z odpłatnego zbycia udziałów (akcji) przy zastosowaniu metody FIFO decyduje niemożność określenia daty i ceny ich zakupu (por. interpretację Izby Skarbowej w Poznaniu z 25 kwietnia 2016 r., nr ILPB1/4511-1-76/16-2/KF).

Z kolei, w przypadku gdy wspólnikiem (akcjonariuszem) jest osoba prawna, zbywająca udziały (akcje) – uzyskana przez nią zapłata z tytułu sprzedaży udziałów (akcji) klasyfikowana jest do przychodów z zysków kapitałowych. Za przychody uzyskane z zysków kapitałowych uważa się należne przychody, choćby nie zostały jeszcze faktycznie otrzymane. Przychodem z odpłatnego zbycia praw majątkowych inkorporowanych w udziałach (akcjach) jest ich wartość wyrażona w cenie określonej w umowie. Jeżeli jednak cena bez uzasadnionych przyczyn ekonomicznych znacznie odbiega od wartości rynkowej tych praw, organ podatkowy określa ten przychód w wysokości wartości rynkowej (przy czym, wartość rynkową praw majątkowych określa się na podstawie cen rynkowych stosowanych w obrocie prawami tego samego rodzaju oraz czasu i miejsca zbycia).

Za datę powstania przychodu z tytułu odpłatnego zbycia udziałów (akcji) uznaje się w tym przypadku dzień zbycia prawa majątkowego inkorporowanego w udziałach (akcjach) (art. 12 ust. 3 i 3a oraz art. 14 ust. 1 i 2 w zw. z art. 7b ust. 1 pkt 3 lit. a ustawy o CIT). Dodatkowo, jeśli możliwe jest precyzyjne zidentyfikowanie zbywanych udziałów (akcji), przychód z tego tytułu powinien być przypisany bezpośrednio do wartości nabycia tych samych sprzedawanych udziałów (akcji). Jeśli nie ma możliwości – dla celów podatkowych – identyfikacji zbywanych udziałów lub akcji (nabytych w różnych terminach i po różnej cenie emisyjnej), a w konsekwencji braku możliwości ustalenia rzeczywistego kosztu ich nabycia, zastosowanie znajdą metody rachunkowe wskazane w prawie bilansowym (tj. metody: średniej ważonej, FIFO lub LIFO; art. 34 ust. 4 ustawy o rachunkowości w zw. z art. 9 ust. 1 ustawy o CIT, por. interpretację Izby Skarbowej w Warszawie z 5 maja 2011 r., IPPB3/423- 164/11-2/AG).

O wysokość straty ze źródła przychodów, poniesionej w roku podatkowym (z tytułu sprzedaży udziałów lub akcji), można obniżyć dochód uzyskany z tego źródła w najbliższych kolejno po sobie następujących pięciu latach podatkowych, z tym że wysokość obniżenia w którymkolwiek z tych lat nie może przekroczyć 50 proc. kwoty tej straty (art. 9 ust. 6 w zw. z ust. 3 ustawy o PIT; art. 7 ust. 5 ustawy o CIT).