Dotychczas dla podmiotów funkcjonujących w SSE okres przedawnienia wynosił – tak jak w przypadku pozostałych podatników – co do zasady pięć lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (czyli w praktyce było to sześć lat). Tym samym dla większości podatników z końcem tego roku przedawnią się rozliczenia podatkowe za 2009 r. Wyjątek od tej zasady ustanowiono od początku bieżącego roku właśnie dla podatników działających w SSE, dla których okres przedawnienia został wydłużony do dziesięciu lat.
Co więcej, ponieważ nowe regulacje dotyczą tych lat podatkowych, które się jeszcze nie przedawniły w świetle ordynacji podatkowej, przedłużony okres przedawnienia dotyczy już roku 2009. Dla podatników działających w SSE rok podatkowy 2009 przedawni się więc najwcześniej z końcem roku 2020, a nie z końcem 2015 r.
Ustawa z 20 października 1994 r. o SSE nakłada na podatników wymogi dokumentacyjne obejmujące:
a) przechowywanie ksiąg podatkowych i dokumentów związanych z ich prowadzeniem oraz
b) dodatkowo dla niektórych podatników przechowywanie dokumentów związanych z poborem podatków oraz innych dochodów budżetu państwa, a także przychodów państwowych funduszy celowych.