Jeżeli okaże się, że nie dokonano zgłoszenia przewozu towarów, dalszy transport może być kontynuowany po dokonaniu zgłoszenia i uzyskaniu numeru referencyjnego.
Najbardziej dotkliwą ewentualnością jest zatrzymanie środka transportu lub towaru, które jest możliwe w przypadku niedokonania zgłoszenia przewozu lub nieprzedstawieniu w trakcie kontroli numeru referencyjnego dla transportu. Środek transportu i towar zostaną zwolnione po uiszczeniu opłat za usunięcie, strzeżenie i przechowywanie przez funkcjonariuszy aparatu skarbowego.
Wybór pomiędzy powyższymi możliwościami należy do kontrolujących i wynika z okoliczności konkretnego transportu towarów.
Z kolei, gdy zostanie stwierdzone, że towar nie odpowiada co do rodzaju, ilości, masy lub objętości towarowi wskazanemu w zgłoszeniu (różnica może wynieść do 10 proc.) albo z okoliczności będzie wynikało, że przewóz towarów wiąże się ze zwiększonym ryzykiem, na środek transportu lub towar mogą zostać nałożone zamknięcia urzędowe. Po nałożeniu zamknięć przewoźnik ma obowiązek przedstawić środek transportu do oddziału urzędu celno-skarbowego zlokalizowanego najbliżej miejsca przeznaczenia transportu w celu usunięcia tych zamknięć.
W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości oraz nałożenia zamknięć urzędowych sporządza się protokół z kontroli.
Gdy w toku kontroli nie zostały stwierdzone nieprawidłowości protokół kontroli sporządzany jest na żądanie kontrolowanego. Kierowcy powinni być świadomi takiej możliwości, zwłaszcza, gdy kontrola trwała długo i nie wykryła nieprawidłowości.