Muzeum powstało na terenie warszawskiej Cytadeli. Budowę sfinansował resort obrony narodowej (koszt ok. 88 mln zł). Upamiętnia mord dokonany na ok. 22 tys. polskich jeńców wiosną 1940 r. na terenie ZSRS przez NKWD.
– Chcieliśmy pokazać losy poszczególnych ludzi. Ekspozycję można zobaczyć, idąc ścieżką, jednym torem – opisuje Konrad Grabowiecki, architekt z pracowni Brzozowski/Grabowiecki (BBGK), współautor koncepcji muzeum.
Do placówki można wejść odnowioną Bramą Nowomiejską. Ścieżka prowadzi na trawiasty plac apelowy. Tam zostało posadzonych sto grabów.
Przez nie prowadzi tzw. blizna, ścieżka o chropowatej nawierzchni. – Tam, gdzie zapadła się ziemia, a tak dzieje się na cmentarzach, pokazał się piasek. Natura upomniała się o tych ludzi, zdemaskowała miejsce zbrodni – opisuje otoczenie „blizny" Jerzy Kalina, artysta rzeźbiarz, autor koncepcji plastycznej muzeum.
W dawnej kaponierze na dwóch poziomach zbudowana została ekspozycja muzealna. Autorzy przypominają historię napaści Niemiec i Związku Sowieckiego na Polskę, poszukiwania zaginionych jeńców przez rodziny, odkrycia grobów w lesie katyńskim i ekshumacje. W gablotach, które przypominają żołnierskie skrzynie, umieszczone zostały archiwalia, fotografie.
