Oto, co się wydarzyło:

Bezpośrednio po wydarzeniach w Sumgait, wiosną 1988 r. w Baku zaczęły się prześladowania Ormian, które trwały nieprzerwanie przez rok 1989. Ormian bezprawnie zwalniano z pracy oraz siłą eksmitowano z ich mieszkań i domów. Bito ich, poniżano publicznie, a nawet mordowano. Do stycznia 1990 r. z 250 tysięcy Ormian zamieszkałych w Baku pozostało jedynie 35-40 tysięcy. Większość z nich to były osoby starsze, samotne, chore lub znajdujące się w trudnej sytuacji życiowej, które nie chciały, albo nie były w stanie, opuścić swoich domów. Ich krewni, którzy nie chcieli ich pozostawić, również zostali w mieście.

W trakcie wiecu Ludowego Frontu Azerbejdżanu (LFA), który odbył się dnia 11 stycznia, wezwano do wyrzucenia Ormian z Baku oraz do przeprowadzenia kampanii wojskowej w Karabachu.

Do 13 stycznia masakry Ormian w Baku stały się powszechne i dobrze zorganizowane. Wieczorem tego dnia tłum złożony z 50 tysięcy osób skandujących „chwała bohaterom z Sumgait” (sprawcom pogromów i mordów Ormian w lutym 1988 r.) oraz „niech żyje Baku bez Ormian” zgromadził się na wiecu na Placu Lenina. Następnie, grupy prowadzone przez aktywistów LFA (w rzeczywistości morderców i zbirów) rozpoczęły metodyczne „oczyszczanie” miasta z Ormian, dom za domem. Jest wiele dowodów potwornych zbrodni i morderstw popełnianych ze skrajnym okrucieństwem.

Tych, którzy zdołali uciec przed śmiercią, poddano przymusowej deportacji. Tysiące Ormian przewieziono promem przez Morze Kaspijskie do portu w Krasnowodzku, w Turkmeńskiej SSR, a następnie samolotami wysłano do Armenii i Rosji.
Według świadectw Ormiańskich uchodźców z Baku, prześladowcy mieli wspólny plan działania. Na początku grupa 10-20 osób włamywała się do mieszkania i zaczynała bić znajdujące się w nim osoby. Następnie pojawiał się przedstawiciel LFA ze wzorem umowy rzekomej sprzedaży lub zamiany mieszkania, nakazując jego opuszczenie oraz udanie się do portu.

Pozwalano zabrać rzeczy osobiste, ale konfiskowano pieniądze i biżuterię. Aktywiści Ludowego Frontu prowadzili w porcie posterunki, gdzie przeszukiwano uchodźców, często bijąc ponownie przed deportacją.

Pogromy Ormian w Baku były bardziej dotkliwe od masakr Ormian w Sumgait pod względem liczby ofiar, czasu trwania prześladowań oraz ich skali. Dokładna liczba zamordowanych osób nadal nie jest znana. W zależności od źródła, mówi się o śmierci 150 do 300 Ormian. Pogromy trwały przez cały tydzień przy kompletnej bezczynności władz Azerbejdżanu, służb porządkowych oraz dużego garnizonu Armii Radzieckiej w Baku.
Jednostki Armii Radzieckiej wkroczyły do stolicy Azerbejdżańskiej SSR dopiero w nocy 20 stycznia 1990 roku, gdzie napotkały ostry opór ze strony bojówek LFA. Liczba ofiar wśród żołnierzy również świadczy o poważnym oporze zbrojnym wobec oddziałów wkraczających do miasta. Według różnych źródeł straty wynosiły między 25 a 36 żołnierzy.

Jest oczywiste, że pogromy Ormian w Baku nie były spontaniczne, lecz raczej dobrze przygotowane i skoordynowane, oraz że zaczęły się długo przed 13 stycznia 1990 roku.
W reakcji na tragiczne wydarzenia w Baku oraz ataki na Getaszen i inne ormiańskie wioski w regionie Szahumian, 18 stycznia 1990 Parlament Europejski przyjął rezolucję „w sprawie sytuacji w Armenii”, która wzywała władze ZSRR do „zagwarantowania realnej ochrony Ormianom mieszkającym w Azerbejdżanie poprzez wysłanie sił interwencyjnych”.
Dnia 27 lipca 1990 roku opublikowano w New York Times list otwarty zaadresowany do społeczności międzynarodowej. Został podpisany przez 133 wybitnych naukowców i orędowników praw człowieka z Europy, Kanady oraz USA, którzy wyrazili oburzenie wobec zabójstw i pogromów Ormian w Baku. Można było w nim w szczególności przeczytać, że „zbrodnie popełniane przeciwko mniejszości ormiańskiej stały się stałą praktyką w Azerbejdżańskiej SSR, jeśli nie wręcz oficjalną polityką tego państwa.”.