Początki sporu sięgały II soboru watykańskiego (1962–1965). To wtedy liberalni hierarchowie dopasowali Kościół katolicki do społecznych przemian XX wieku. Dalsze reformy dzieliły jednak watykańskich dostojników na zwolenników i przeciwników unowocześnienia Kościoła. Papież Paweł VI, pierwotnie zwolennik skrzydła liberalnego, pociągnął za hamulec. Przerażała go coraz większa sekularyzacja i spadek powołań. Księża sutanny wieszali na kołku, katolicka biedota w Ameryce Południowej zatknęła Chrystusa na karabinie, a teologowie z bogatej północy krytykowali naukę Kościoła, ba, samego papieża, zwłaszcza za encyklikę „Humanae vitae”, m.in. zabraniającą pigułki antykoncepcyjnej.
Śledztwo w sprawie powiązań z masonerią
W czerwcu 1972 r. Paweł VI uznał, że sprawy idą w złym kierunku. W jednej z homilii wydobył z siebie wiele mówiące westchnienie: „W Kościele pojawił się swąd szatana”. Szara eminencja w Watykanie, biskup Giovanni Benelli (w latach 1977–1982 arcybiskup Florencji), podszepnął naprawczą myśl: „Trzeba prześwietlić czołowych kurialistów”. Zdaniem Benellego źródło „swądu” biło na szczytach watykańskiej drabiny władzy, powiązanej, o zgrozo, z wrogą Kościołowi masonerią. Benelli ucieleśniał skrajnie nieufnego zwolennika teorii spiskowych. Na przykład drzwi do jego gabinetu były zabezpieczone elektrycznym zamkiem – nikt, także bliscy współpracownicy Benellego, nie mógł wejść do gabinetu, dopóki przebywający wewnątrz biskup nie wcisnął odpowiedniego przycisku... Jednocześnie jako wyborny strateg i dyplomata mógłby w dowolnym rządzie pełnić rolę jego mózgu. Koneksje Benellego sięgały połowy światowego establishmentu; z tak wysoko postawionymi ludźmi na święta wymieniał się życzeniami. A Paweł VI przygotowywał go sekretnie na swojego następcę. Benelli szepnął mu, że do prześwietlenia wielebnych kolegów ma już właściwego człowieka: kanadyjskiego biskupa Édouarda Gagnona. Paweł VI dał Benellemu swoje błogosławieństwo.
W 1975 r. Gagnon rozpoczął utajnione śledztwo, które prowadził przez trzy lata. Przesłuchiwał w Watykanie wszystkich, jak leci, łącznie z gwardzistami szwajcarskimi trzymającymi wartę przed gabinetami kardynałów. Jak ryzykownego podjął się przedsięwzięcia, świadczy fakt, że otrzymywał anonimy, w których grożono mu śmiercią. Włamywano się do jego rzymskiego mieszkania i plądrowano je. Przeprowadził się więc do kolegium libańskiego w rzymskim Monteverde Vecchio. Wybór jeszcze bardziej ilustrujący napiętą atmosferę w Watykanie.
W kolegium libańskim mieszkał abp Hilarion Capucci, co rezydencję czyniło jednym z najbezpieczniejszych miejsc w Rzymie. Capucci, rodowity Syryjczyk, sprawował godność melchickiego wikariusza apostolskiego Jerozolimy. W połowie lat 70. XX w. Izrael oskarżył go o przemyt broni dla Palestyńczyków i uwięził. Został wypuszczony do Watykanu – pod jednym wszakże warunkiem: nigdy więcej nie wróci na Bliski Wschód. Kiedy w kolegium zamieszkał Gagnon, przed wejściem 24 godziny na dobę stały zaparkowane dwie furgonetki: jedna z uzbrojonymi po zęby izraelskimi agentami, druga – z syryjskimi. Nawet przysłowiowa kościelna mysz nie prześlizgnęłaby się niezauważona do libańskiej rezydencji. Odwiedzających zatrzymywano, przesłuchiwano, kontrolowano, a możliwość włamania czy zamordowania Gagnona spadła do zera (a jednak nie przeszkodziło to we włamaniu się do jego biura). Biskup posiadał najlepszy bank informacji, na co wielu dostojnikom kościelnym cierpła skóra. Po watykańskich korytarzach krążyło powiedzenie: „Tylko ta dwójka wie wszystko – Duch Święty i Gagnon!”. Świadome ostatecznego celu śledztwa, opakowanego w niewinną „wizytację apostolską”, były tylko trzy osoby: papież, Benelli i Gagnon.
Dowody przeciwko dostojnikom z Kurii Rzymskiej
Po trzech latach, w maju 1978 r., arcybiskup (mianowany w czerwcu 1977 r.) zamknął dochodzenie. Zgromadzone materiały dowodowe skradziono z sejfu Kongregacji ds. Duchowieństwa. Gagnon miał jednak duplikat. Dossier zawierało dowody przeciwko trzem kluczowym osobistościom Kurii Rzymskiej. Byli to: prefekt Kongregacji ds. Biskupów kardynał Sebastiano Baggio, szef Banku Watykańskiego abp Paul Marcinkus i abp Annibale Bugnini. Trójca ta, konkludował Gagnon, stała na czele spisku masońskiego mającego zniszczyć w Kościele najistotniejsze elementy tradycji.
