Przy rekordowych poziomach zakażeń w każdej sekundzie wirus replikuje się w miliardach kopii. W związku z tym tempem replikacji, w każdej sekundzie rośnie prawdopodobieństwo tego, że wirus popełni błąd podczas kopiowania swojego kodu genetycznego. Wówczas powstanie mutacja. Na przykład taka jak w wariancie z Indii, gdzie wirus rozwinął mutacje blokujące skuteczność przeciwciał stosowanych w leczeniu COVID-19 i strasząc nas możliwością blokowania odpowiedzi immunologicznej organizmu indukowanej przez szczepionki.
Mutacja może spowodować na przykład zmianę sekwencji aminokwasów w miejscu gdzie przeciwciała, zapobiegające inwazji na komórki i replikacji, atakowały wirusa. Ponieważ większość szczepionek na COVID-19 generuje odporność tylko na jedno białko, białko tzw. kolca na powierzchni wirusa, preparaty te mogą być łatwiejsze do ominięcia przez zmutowane wirusy. Niestety, niektóre przypadki potwierdzają taką możliwość, jak choćby studium zmarłego pacjenta, opisane niedawno w "The New England Journal of Medicine", człowieka z obniżoną odpornością, u którego wirus mutował w znacznie szybszym tempie w porównaniu z tym krążącym w całej populacji.
Jednak biolodzy ewolucyjni, którzy wykorzystują modelowanie komputerowe do generowania scenariuszy, w których szczepionka przestaje być skuteczna, twierdzą, że nie ma jeszcze wystarczających danych do obliczenia tego, nadal hipotetycznego, ryzyka.
Uważają oni, że żadna pojedyncza mutacja prawdopodobnie nie spowoduje spadku skuteczności szczepionki. Jesse Bloom z Fred Hutchinson Cancer Research Center twierdzi na łamach magazynu "Science", że „nawet najgorsze mutacje zaobserwowane do tej pory, tylko częściowo zmniejszyły skuteczność przeciwciał pochodzących z odzyskanej krwi pacjentów”. Naukowcy twierdzą, że utrata skuteczności szczepionki to w naszej sytuacji drugorzędne zmartwienie, a obecnie najważniejsze jest, aby uodpornić się szybko.
Z wyjątkiem grypy sezonowej, która co roku wymaga nowego specyfiku, niewielu wirusom udało się uzyskać odporność na szczepionki. Na przykład, wirus polio, który mutuje znacznie szybciej niż koronawirus czy wirus odry, nadal nie "uciekły" szczepionce, która skutecznie zabezpiecza przed chorobą. Po prostu, żadna pojedyncza mutacja nie ma większego wpływu na skuteczność tej terapii.
