Szpitale nie wykonują wszystkich ustawowych obowiązków, w szczególności w zakresie dokumentowania tych odpadów. Nie przestrzegają własnych przepisów, ani warunków określonych w umowach z usługodawcami. NIK zwraca uwagę, że stosowany w wielkopolskich szpitalach sposób postępowania z odpadami medycznymi zagraża zdrowiu ludzi oraz środowisku. W związku z magazynowaniem zakaźnych odpadów medycznych z naruszeniem obowiązujących wymagań oraz nieprzechowywaniem dokumentów potwierdzających ich unieszkodliwienie, a także brakiem ewidencji niektórych z tych odpadów, poznańska delegatura NIK skierowała do Wojewódzkiej Inspekcji Ochrony Środowiska w Poznaniu zawiadomienia o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia wykroczeń.
W definicji ustawowej przyjęto, że odpady medyczne to odpady powstające w związku z udzielaniem świadczeń zdrowotnych oraz prowadzeniem badań i doświadczeń naukowych w zakresie medycyny. Szpitale są zobowiązane do prowadzenia ewidencji odpadów medycznych wytwarzanych i przekazywanych do utylizacji. Złe praktyki transportowania tych odpadów po całym kraju w poszukiwaniu najtańszego odbiorcy miały zostać zakończone poprzez wprowadzenie tzw. zasady bliskości. Poza określonymi ustawowo wyjątkami obowiązuje zakaz unieszkodliwiania zakaźnych odpadów medycznych poza obszarem województwa, na którym zostały wytworzone. Unieszkodliwiać je należy w instalacjach, spełniających wymagania najlepszej dostępnej techniki lub technologii albo w miejscach położonych najbliżej miejsca ich wytworzenia. Unieszkodliwianie zakaźnych odpadów medycznych może następować wyłącznie poprzez ich termiczne przekształcanie w spalarniach odpadów niebezpiecznych. Do czasu uzyskania dokumentów potwierdzających unieszkodliwienie zakaźnych odpadów medycznych szpitale są za nie odpowiedzialne.
W 2014 roku NIK przeprowadziła kontrolę postępowania z odpadami medycznymi w wybranych jednostkach na terenie kilku województw. Izba oceniła wówczas negatywnie funkcjonowanie systemu unieszkodliwiania tych odpadów. W ostatnich latach ukazały się także liczne publikacje medialne wskazujące na duże ryzyko występowania nieprawidłowości w postępowaniu z odpadami medycznymi. W wyniku analizy przedkontrolnej delegatura NIK w Poznaniu podjęła i przeprowadziła kontrolę na temat postępowania z odpadami medycznymi w podmiotach leczniczych województwa wielkopolskiego.
Ustalenia kontroli przeprowadzonej w sześciu wielkopolskich podmiotach leczniczych dały podstawę do stwierdzenia, że system unieszkodliwiania odpadów medycznych w Wielkopolsce nie funkcjonuje prawidłowo. Istotne nieprawidłowości dotyczyły postępowania z odpadami medycznymi zarówno na etapie ich segregowania i magazynowania, jak i ewidencjonowania oraz wywiązywania się z obowiązków sprawozdawczych. Szczególnie niepokojące jest to, że w każdym ze skontrolowanych szpitali wystąpiły zaniedbania. W szpitalach: w Gostyniu, Ostrzeszowie, Środzie Wielkopolskiej oraz w Turku skala oraz charakter stwierdzonych nieprawidłowości uzasadniły sformułowanie oceny negatywnej kontrolowanej działalności.
Zdecydowanie najczęściej niewłaściwie realizowano ustawowe obowiązki dokumentowania oraz ewidencjonowania odpadów medycznych, wykonując je niesystematycznie i nierzetelnie. Ponadto brakowało potwierdzenia unieszkodliwienia zakaźnych odpadów medycznych, podczas gdy jego posiadanie stanowi warunek zwolnienia szpitala z odpowiedzialności za ich zbieranie i przetwarzanie. Wytwarzane były też odpady medyczne w ilości przekraczającej wielkości określone w pozwoleniu.