Z wnioskiem o interpretację wystąpiła gmina. Tłumaczyła, że jako jednostka samorządu terytorialnego jest odpowiedzialna za realizację projektów inwestycyjnych, m.in. budowę i modernizację infrastruktury kanalizacyjnej i wodociągowej. W 2012 r. zakończyła realizację takiego projektu. W latach 2009-2011 poniosła wydatki na zakup towarów i usług koniecznych do budowy gminnej infrastruktury wodno-kanalizacyjnej, nie odliczając VAT. Po zakończeniu inwestycji infrastruktura została przekazana nieodpłatnie do używania spółce komunalnej. Ta świadczy usługi w zakresie dostawy wody i odbioru ścieków od mieszkańców gminy, opodatkowane VAT.
Czytaj także: Inwestycje wodociągowe z prawem do pełnego odliczenia
Gmina wyjaśniła, że w celu uporządkowania poszczególnych działań wykonywanych podczas realizacji zadań własnych, planuje rozpoczęcie procesu reorganizacji działalności wodno-kanalizacyjnej. Przewidziane jest wniesienie poszczególnych elementów infrastruktury aportem do spółki. Przed tym planuje odpłatne udostępnienie poszczególnych elementów infrastruktury spółce, m.in. na podstawie umowy dzierżawy. Zapytała m.in. czy odpłatne udostępnienie poszczególnych elementów infrastruktury będzie stanowiło zmianę jej przeznaczenia i czy będzie miała prawo do zastosowania tzw. korekty wieloletniej podatku naliczonego z art. 91 ustawy o VAT.
Odpowiedź fiskusa okazała się negatywna. Uznał, że gmina, nabywając towary i usługi w związku z realizacją inwestycji, nie działała w charakterze podatnika VAT. A po oddaniu do użytkowania, infrastruktura ta nie była używana do działalności gospodarczej gminy. W jego ocenie, dopiero po wydzierżawieniu infrastruktury spółce komunalnej będzie ona wykorzystywana do czynności opodatkowanych.
Spór trafił na wokandę. WSA w Gorzowie Wielkopolskim uznał skargę gminy za zasadną, ale nie uwzględnił wszystkich zarzutów. Fiskus zaskarżył wyrok do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który uznał, że w sprawie wyłoniło się zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości. Wystąpił o uchwałę siedmiu sędziów: czy realizując inwestycję polegającą na budowie infrastruktury wodociągowo-kanalizacyjnej gmina występuje jako organ władzy publicznej realizujący zadania własne czy w charakterze podatnika VAT? I czy wobec tego przysługuje jej prawo do odliczenia VAT związanego z wydatkami poniesionymi na tę inwestycję.
