Ustawa o VAT przewiduje trzy warianty opodatkowania VAT dostawy nieruchomości, a zastosowanie jednego z nich zależy od charakteru danej nieruchomości i okoliczności jej nabycia. Sprzedaż nieruchomości może być opodatkowana na zasadach ogólnych (stawką 23 proc.), na podstawie przepisów szczególnych może zostać objęta zwolnieniem albo całkowicie wykraczać poza zakres opodatkowania VAT. Każda metoda niesie za sobą określone skutki podatkowe dla stron umowy, a potencjalna różnica wartości przedmiotu umowy (nawet 23 proc.) może decydować o rentowności inwestycji. Dlatego tak ważne jest określenie właściwej metody opodatkowania jeszcze przed sfinalizowaniem transakcji. Niestety kwestii tej nie ułatwiają przepisy ustawy o VAT, które przez zastosowanie niedookreślonych zwrotów przez wiele lat pozwalały organom podatkowym dość swobodnie oceniać skutki podatkowe przeniesienia własności nieruchomości pomiędzy podatnikami.
Przepisy o VAT przewidują, że sprzedaż budynku z zasady podlega zwolnieniu z VAT. Nie dotyczy to jednak dostawy przeprowadzonej w ramach pierwszego zasiedlenia lub w ciągu dwóch lat od niego. W takich sytuacjach (m.in. w komentowanej sprawie) podatnicy mogą (pod pewnymi warunkami) wybrać, czy pozostają przy zwolnieniu, czy może wolą opodatkować zbycie nieruchomości na zasadach ogólnych (23 proc.).
Wybór opodatkowania transakcji stawką 23 proc. VAT może być korzystny, ponieważ powoduje, że nabywca zyskuje jednocześnie prawo do odliczenia VAT i zachowania neutralności podatkowej. Dotyczy to jednak wyłącznie przypadków, gdy sprzedawca w okresie użytkowania nieruchomości (w tym, w okresie jej wybudowania lub nabycia) również miał prawo do odliczenia VAT naliczonego od poniesionych wydatków. W przeciwnym razie obowiązek odprowadzenia na rzecz fiskusa 23 proc. VAT powoduje utratę neutralności VAT, a zbycie staje się nieatrakcyjne. Dlatego w takich okolicznościach sprzedawca powinien mieć możliwość zrezygnowania z opodatkowania 23 proc. VAT.
Niestety przez wiele lat organy podatkowe i sądy administracyjne naruszały istotę regulacji w tym zakresie, ograniczając prawo do zwolnienia, co sprzeciwiało się przepisom unijnym i godziło w neutralność VAT podatników. Sporną kwestią była szczególnie definicja pojęcia „pierwsze zasiedlenie" budynku – jedna z przesłanek, które wpływają na to czy dostawa podlega zwolnieniu, czy może skorzystać z opodatkowania stawką 23 proc. Długo nie było jasne kiedy „pierwsze zasiedlenie" ma miejsce. Przepisy wskazywały, że jest to moment oddania budynku lub budowli do używania w wykonaniu czynności podlegających opodatkowaniu, po ich wybudowaniu lub ulepszeniu (jeżeli wydatki na ulepszenie wyniosły co najmniej 30 proc. wartości początkowej).
Sądy i organy stawały często na stanowisku, że za „czynności podlegające opodatkowaniu" uznaje się oddanie pod wynajem, leasing lub sprzedaż nieruchomości. Za oddanie do używania w celach podatkowych nie uznawały użytkowania nieruchomości na własne potrzeby podatnika (magazyn, fabryka, biuro). Takie stanowisko prowadziło często do niekorzystnych dla podatników rozstrzygnięć i obligatoryjnego opodatkowania VAT.
Wątpliwości ostatecznie rozstrzygnął Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w wyroku z 16 listopada 2017 r. w sprawie C-308/16 (Kozuba Premium Selection sp. z o.o.). Trybunał uznał, że polskie rozumienie przepisów jest niezgodne z unijną dyrektywą. W związku z tym krajowe sądy i organy już dziś są zobowiązane do zmiany podejścia. Dotyczy to również spraw zakończonych przed wydaniem orzeczenia TSUE.