Do niedawna instytucja magazynu konsygnacyjnego nie była uregulowana wprost w unijnych przepisach podatkowych. Komisja Europejska dopuszczała natomiast uproszczenia rozliczeń w transakcjach z wykorzystaniem magazynów konsygnacyjnych, a państwa członkowskie mogły wprowadzać uprzywilejowane zasady rozliczania na zasadzie dobrowolności.
W grudniu 2018 r. został wprowadzony w Dyrektywie 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (dalej: dyrektywa) art. 17a regulujący zagadnienie procedury magazynu typu call-off stock (składowane towary są przeznaczone dla konkretnego, z góry znanego nabywcy). Zmiany zostały wprowadzone przez Dyrektywę Rady (UE) 2018/1910 z 4 grudnia 2018 r. zmieniającą dyrektywę 2006/112/WE w odniesieniu do harmonizacji i uproszczenia niektórych przepisów w systemie podatku od wartości dodanej dotyczących opodatkowania handlu między państwami członkowskimi. Nowe regulacje wchodzą w życie 1 stycznia 2020 r. i do tego czasu państwa członkowskie muszą je zaimplementować.