Spółka jest członkiem międzynarodowej sieci niezależnych przedsiębiorstw prowadzących supermarkety spożywcze i ogrodnicze. Głównym celem, dla którego została powołana, jest stworzenie i rozwój sieci w Polsce.
Na podstawie umów franczyzowych firma zrzesza niezależnych przedsiębiorców zarządzających supermarketami. Wszystkie supermarkety działają w formie spółek kapitałowych, w każdej z nich spółka jest udziałowcem mniejszościowym. Posiadanie udziałów w spółkach prowadzących supermarket nie jest związane z chęcią osiągania zysków, świadczeniem usług zarządzania nimi bądź innymi profitami. Firma sporadycznie świadczy jedynie na rzecz spółek m.in. usługi informatyczne (refakturowanie), najmu kas fiskalnych, podnajmu, a także usługi księgowe i pośrednictwa finansowego. Podatniczka zapytała czy zbycie przez nią udziałów będzie miało wpływ na prawo do odliczenia VAT w zakresie wydatków związanych z ogółem prowadzonej działalności gospodarczej i konieczność ustalenia proporcji z art. 90 ustawy o VAT.
Spółka była przekonana, że nie, ale fiskus był innego zdania. W jego ocenie należy mieć na uwadze, że system odliczenia ma na celu całkowite uwolnienie przedsiębiorcy od ciężaru VAT zapłaconego lub podlegającego zapłacie w prowadzonej przez niego działalności gospodarczej. Natomiast nie daje uprawnienia do odliczenia w przypadku czynności będących poza zakresem działalności gospodarczej. Oznacza to, że podatnik nie może domagać się prawa do odliczenia podatku naliczonego, nie płacąc podatku należnego. Organ stwierdził, że transakcja zbycia udziałów będzie miała wpływ na prawo do odliczenia podatku naliczonego w odniesieniu do wydatków związanych z ogółem prowadzonej działalności gospodarczej i wymusi ustalenie proporcji odliczenia.
Stanowisko urzędników w pełni podzielił Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu. Zauważył m.in., że obowiązkiem skarżącej jest przypisanie konkretnych wydatków do określonego rodzaju sprzedaży, z którymi wydatki te są związane. Spółka musi odrębnie określić, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu, czyli dokonać alokacji podatku do czynności wykonywanych w działalności gospodarczej (opodatkowanych i zwolnionych) oraz czynności niepodlegających VAT. Przy czym, zadaniem sądu, wybór klucza podziału leży w gestii skarżącej. To ona jest zobowiązana do przyjęcia przy odliczeniu VAT naliczonego obiektywnego kryterium (np. klucza inwestycyjnego, bądź transakcyjnego), zapewniającego, że obliczenie proporcji pomiędzy działalnością gospodarczą a działalnością niemającą charakteru gospodarczego będzie obiektywnie odzwierciedlało część wydatków faktycznie przypadającą odpowiednio na każdy z tych rodzajów działalności. Możliwe jest zastosowanie jakiegokolwiek sposobu rozdziału zakupów towarów i usług, pod warunkiem jednak, że gwarantuje on najdokładniejsze ustalenie kwoty podatku naliczonego do odliczenia.
W ocenie WSA, fiskus zasadnie uznał, że prawo do odliczenia przysługuje wyłącznie w części związanej z wykonywaniem przez skarżącą czynności opodatkowanych VAT, a istnienie tego prawa determinowane jest faktycznym wykorzystaniem wydatków na cele działalności gospodarczej. Tym samym skarżąca jest zobowiązana do zastosowania wstępnej alokacji podatku naliczonego w celu określenia kwoty podatku naliczonego związanego z działalnością gospodarczą (tj. czynnościami opodatkowanymi VAT i zwolnionymi od podatku – jeśli takie wykonuje). Następnie, w celu odliczenia podatku naliczonego, należy zastosować proporcję z art. 90 ust. 3 ustawy o VAT.