W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Zasadniczo zatem podatnik nie ma prawa do odliczenia, jeżeli wykonywane przez niego czynności nie podlegają opodatkowaniu bądź są z niego zwolnione. W praktyce trudno jest czasem ustalić, czy dany wydatek jest związany z opodatkowaną działalnością podatnika (czynnościami opodatkowanymi). Z orzecznictwa sądów administracyjnych oraz interpretacji podatkowych wynika zasada nakazująca odróżniać bezpośredni związek danego wydatku z czynnościami opodatkowanymi od związku pośredniego. Ma to o tyle istotne znaczenie, że odpowiednia klasyfikacja danego wydatku może wpływać na związane z nim prawo do odliczenia. Dotychczas wydatki pośrednio związane z działalnością opodatkowaną, jeśli odnosiły się do całokształtu prowadzonej przez podatnika działalności opodatkowanej, umożliwiały mu odliczanie podatku naliczonego. Jednak ta sytuacja może się zmienić, na co wskazuje orzeczenie Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 stycznia 2015 r. (I FSK 2001/13).