Gmina jest czynnym podatnikiem VAT. W listopadzie 2008 r. protokołem odbioru zakończyła inwestycję budowy sieci wodociągowej, która została przekazana do bezpłatnego użytkowania zakładowi budżetowemu gminy. Po wybudowaniu infrastruktura początkowo nie służyła do wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu VAT. W związku z tym dotychczas gmina nie odliczyła podatku z faktur dokumentujących poniesione wydatki. Samorządowcy rozważają podpisanie z zakładem budżetowym umowy dzierżawy infrastruktury. Zakład, jako czynny podatnik VAT, świadczyłby nadal za pomocą infrastruktury usługi dla ludności, na podstawie zawartych umów, w tym usługi dostawy wody, we własnym imieniu i na własny rachunek. Nie byłby jednak dysponentem infrastruktury na podstawie nieodpłatnego przekazania. Gmina przyznała, że odpłatność za dzierżawę byłaby skalkulowana na poziomie kilkuset złotych rocznie, ze względu na szczególne więzi ekonomiczne.
Czytaj także: Prawo gminy do odliczenia VAT przy zmianie sposobu użytkowania infrastruktury wodociągowo-kanalizacyjnej
Gmina zapytała, czy jako inwestor będzie miała prawo do korekty podatku naliczonego w związku ze zmianą przeznaczenia infrastruktury wskutek rozpoczęcia wykorzystywania jej do świadczenia usług opodatkowanych VAT.
Po perturbacjach proceduralnych, fiskus – zajmując się merytorycznym problemem – odmówił gminie prawa do odliczenia. Zauważył, że skoro w świetle orzecznictwa jedynym podatnikiem VAT jest gmina, to nie nastąpiła zmiana przeznaczenia sieci wodociągowej, która od momentu oddania do użytkowania jest wykorzystywana przez samorządowy zakład budżetowy. W spornej sprawie nie będzie więc miał zastosowania art. 91 ustawy o VAT, tylko jej art. 86 ust. 13. Gminie od początku budowy sieci wodociągowej przysługiwało bowiem prawo do odliczenia. Jednocześnie, w ocenie urzędników, nie można mówić o dzierżawie przez gminę na rzecz samorządowego zakładu budżetowego. Umowa taka nie wywołuje skutków prawnych i podatkowych, gdyż zakład budżetowy nie ma podmiotowości prawnej. W konsekwencji, skoro w chwili ponoszenia wydatków gmina działała jako podatnik VAT, a nabycia służyły wyłącznie sprzedaży opodatkowanej w działalności gospodarczej, to co do zasady, przysługiwałoby jej uprawnienie do odliczenia w trybie art. 86 ust. 1 w związku z art. 86 ust. 10 ustawy o VAT.
Jednak w opisanym przypadku inwestycja została oddana do użytkowania w 2008 r. Fiskus przypomniał, że jeżeli podatnik nie odliczył podatku w odpowiednich w terminach, to mógł je skonsumować przez korekty deklaracji, nie później jednak niż w ciągu pięciu lat, licząc od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia. Inwestycja gminy została zakończona w 2008 r., więc nie jest ona, zdaniem fiskusa, uprawniona do złożenia korekt deklaracji za ten okres.