W styczniu 2018 r. gmina wystąpiła o interpretację w zakresie określenia podstawy opodatkowania dofinansowania ze środków europejskich projektu "Wzrost wykorzystania odnawialnych źródeł energii w gminie". Ubiegając się o dofinansowanie, gmina nie wskazała podatku naliczonego od wydatków na inwestycję jako wydatku kwalifikowanego projektu. Na podstawie umów z mieszkańcami, w zamian za ich odpłatność gmina miała wykonać montaż i podpięcie instalacji na budynkach mieszkańców oraz na gruntach poszczególnych nieruchomości.
Instytucja zarządzająca, udzielając dofinansowania, przeznacza dotację na całość kosztów projektu. Dotacja przeznaczona jest na pokrycie wydatków kwalifikowanych do programu, a gmina decyduje, czy część kosztów zostanie poniesiona przez mieszkańców, sfinansowana przez nią z kredytu czy ze środków własnych. Dotacja dotyczy kosztów budowy instalacji. Warunki rozliczenia dotacji oraz wysokość dofinansowania nie są uzależnione od sposobu finansowania wkładu własnego. Z wniosku wynikało, że wysokość dofinansowania zawsze wynosić będzie 85 proc. kosztów kwalifikowanych, bez względu na liczbę nieruchomości zaangażowanych w projekt. Gmina pytała, jaka jest podstawa opodatkowania usługi, która będzie przez nią wykonywana.
Sama była przekonana, że podstawą opodatkowania jest kwota należna od mieszkańca pomniejszona o podatek należny (art. 29a ust. 1 ustawy o VAT). Do podstawy opodatkowania należy bowiem wliczyć wyłącznie takie dotacje, które mające bezpośredni wpływ na wysokość tej podstawy opodatkowania. Gdy dotacji nie da się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu VAT, a które mają na celu jedynie dofinansowanie ogólnych kosztów programu, np. kosztów realizacji projektów, to nie będą one stanowiły zapłaty. W konsekwencji nie będą podlegać VAT.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Uznał, że podstawą opodatkowania z tytułu świadczonych przez gminę usług jest nie tylko kwota należna w postaci wpłaty, którą uiszcza mieszkaniec, ale także środki od podmiotu trzeciego na realizację projektu, w części, w jakiej dofinansowują one cenę świadczonych na rzecz mieszkańców usług, pomniejszone o kwotę podatku należnego. Urzędnicy nie mieli wątpliwości, że dofinansowanie ma bezpośredni wpływ na kwotę należną (cenę) z tytułu świadczenia usług, a zatem stanowi zapłatę otrzymaną od osoby trzeciej. Fiskus zgodził się jedynie, że do podstawy opodatkowania nie wchodzi wkład własny gminy.
Gmina zaskarżyła interpretację, ale WSA w Lublinie oddalił jej skargę. Ponieważ gmina zawiera umowy z mieszkańcami, to nie jest to zadanie adresowane do wszystkich mieszkańców. Ponadto gmina jest stroną tych umów, koordynuje wszystkie prace związane z organizacją projektu. Zawierając umowę z wykonawcami oraz umowy z mieszkańcami gmina wchodzi w rolę świadczącego usługę. WSA nie miał wątpliwości, że wpłaty wnoszone przez mieszkańców są de facto zapłatą za przyszłe świadczenie dokonywane przez gminę na rzecz konkretnej osoby. Uzyskane dofinansowanie było niewątpliwie bezpośrednio związane z finansowaniem konkretnej inwestycji (zadania) w postaci usługi montażu instalacji solarnych i kotłów na biomasę. Nie służyło zaś finansowaniu ogólnej działalności gminy.
