Fiskus nie dawał jednak za wygraną. A gdy jego skarga kasacyjna oczekiwała w kolejce na termin w Naczelnym Sądzie Administracyjnym, sporną kwestię na niekorzyść samorządów i innych podatników przesądził TSUE.
I gdy wydawało się, że ze względu na związanie zawartą w nim wykładnią NSA może tylko przypieczętować przegraną gminy, jego wyrok okazał się precedensowy i salomonowy.
NSA zgodził się, że art. 86 ust. 1 ustawy o VAT – w świetle wyroku TSUE z 8 maja 2019 r. w sprawie C-566/17 – należy rozumieć w ten sposób, że brak w stanie prawnym obowiązującym do 31 grudnia 2015 r. uregulowań, dotyczących kryteriów i metod podziału, które umożliwiłyby podatnikowi określenie podlegającej odliczeniu części naliczonego podatku od towarów i usług związanego z jego działalnością gospodarczą i z działalnością niemającą charakteru gospodarczego, nie dawał jednak podstawy do pełnego odliczenia tego podatku. Inaczej mówiąc powtórzył za Trybunałem, że sam brak w ówczesnych przepisach rozwiązań umożliwiających podatnikowi ustalenie proporcji odliczenia przy wydatkach mieszanych, nie pozwalał na pełne odliczenie.
Jednak NSA musiał zmierzyć się z tym, że na długo przed orzeczeniem TSUE sam 24 października 2011 r. wydał uchwałę w składzie siedmiu sędziów, która ówczesne wątpliwości rozstrzygnęła na korzyść podatników (sygn. akt I FPS 9/10). W tej sytuacji odwołując się do konstytucyjnych zasad NSA uznał, że podatnicy, którzy działali w zaufaniu do państwa i wykładni dokonanej w uchwale odliczyli pełny VAT nie mogą ponosić negatywnych konsekwencji zmiany wykładni przepisów. W ocenie sądu podatnicy, którzy z uwagi na brak uregulowań umożliwiających określenie podlegającej odliczeniu części VAT związanego z działalnością mieszaną, dokonali pełnego odliczenia – kierując się wykładnią wyrażoną przez NSA w uchwale – nie są zobligowani do korekty rozliczeń sprzed 1 stycznia 2016 r., co do których zobowiązania podatkowe nie uległy przedawnieniu. Inna wykładnia byłaby złamaniem zasady demokratycznego państwa prawa oraz pewności prawa.
W obszernym uzasadnieniu wyroku NSA zwrócił uwagę na wpływ wyroku TSUE z 8 maja 2019 r. (C-566/17) na obowiązek sądu krajowego dokonania wykładni i stosowania odpowiednich przepisów prawa krajowego. Ma ona bowiem zapewnić realizację zasady efektywności prawa unii, ale przy jednoczesnym obowiązku zapewnienia również skutecznej ochrony jednostce tzn. z uwzględnieniem wymogów zasad pewności prawa i niedziałania prawa wstecz.
Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 2 lipca 2019 r.,