Jednostka otrzymująca dopłatę może być zobowiązana do posiadania w tym celu wyodrębnionego rachunku bankowego, który służy wyłącznie do transakcji związanych z otrzymanym dofinansowaniem. W takim przypadku wskazane może być również uszczegółowienie ewidencji księgowej za pomocą dodatkowych kont analitycznych dla operacji związanych z przedsięwzięciem finansowanym z otrzymanej dopłaty. Ewidencja ta ma bowiem za zadanie pełnić funkcję kontrolną w zakresie wykorzystania otrzymanych środków.
Zasady przyjęte do ujęcia w księgach rachunkowych otrzymanego dofinansowania oraz jego rozliczenia jednostka powinna opisać w polityce (zasadach) rachunkowości. Przy czym zasady te powinny uwzględniać podatkowe skutki tego zdarzenia, które wywierają istotny wpływ na zapisy księgowe w zakresie otrzymanych dopłat.
Podstawa opodatkowania
Sam fakt otrzymania dopłaty nie stanowi czynności podlegającej opodatkowaniu na podstawie art. 5 ust. 1 ustawy o VAT. Otrzymana dopłata podlega opodatkowaniu dopiero wtedy, gdy stanowi ona element ceny dostarczanych przez podatnika towarów lub świadczonych przez niego usług. Z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT wynika bowiem, że podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika.
Do podstawy opodatkowania VAT wlicza się zatem tylko takie dopłaty, które mają bezpośredni wpływ na zapłatę (cenę) z tytułu dostawy towaru lub świadczenia usługi. Taki charakter mają dopłaty, które powodują, że ostateczny odbiorca towaru lub usługi, z powodu dopłaty otrzymanej przez sprzedawcę, płaci cenę niższą lub nie płaci jej w ogóle. Jeśli sprzedawca dla konkretnej dostawy towarów lub konkretnego świadczenia usług otrzymuje od innego podmiotu takie właśnie dofinansowanie w postaci bezpośredniej dopłaty do ceny towaru lub usługi, to wówczas tego rodzaju dofinansowanie stanowi uzupełniający element podstawy opodatkowania z tytułu sprzedaży. Opodatkowaniu VAT podlegają dopłaty o charakterze przedmiotowym, czyli takie, które są związane z konkretną ilością i wartością towaru lub usługi. Potwierdził to dyrektor KIS, który w interpretacji indywidualnej z 16 maja 2019 r. (0115-KDIT1-2.4012.129.2019.2.RS) wskazał, że: (...) „Jeżeli otrzymywana dotacja jest w sposób zindywidualizowany i policzalny związana z ceną danego świadczenia (tj. świadczenie dzięki dotacji ma cenę niższą o konkretną kwotę), taka dotacja podlega VAT."