Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w wyroku z 28 czerwca 2017 r. (I SA/Kr 252/17).
Rozpoczynając projekt badawczy instytut nie widział perspektyw na jego szybką komercjalizację, dlatego z ostrożności kwalifikował go jako działalność analogiczną do statutowej, niepodlegającej opodatkowaniu VAT. Po jego zrealizowaniu, instytutowi udało się zawrzeć odpłatną umowę licencji patentowej na komercjalizację praw patentowych. Zdaniem instytutu, w związku z wykorzystaniem projektu badawczego do działalności gospodarczej, poprzez świadczenie odpłatnej usługi na rzecz spółki z siedzibą w Hiszpanii, ma on prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupów związanych bezpośrednio z udzieloną licencją.
Dyrektor IS w Katowicach w interpretacji z 30 października 2016 r. (IBPP2/4512-324/16-4/IK) nie zgodził się z instytutem m.in. co do prawa do odliczenia podatku naliczonego w związku ze zrealizowanym projektem badawczym. W ocenie organu, ponieważ instytut, nabywając towary i usługi, nie działał w roli podatnika VAT, późniejsze włączenie projektu do działalności gospodarczej nie daje prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Instytut wniósł skargę na tę interpretację do WSA w Krakowie. Rozpoznając sprawę, WSA zgodził się ze stanowiskiem instytutu w zakresie prawa do odliczenia podatku naliczonego w związku ze zrealizowanym projektem badawczym, a w pozostałym zakresie skargę oddalił. Zdaniem sądu, pozbawienie instytutu prawa do odliczenia VAT byłoby nie tylko naruszeniem art. 91 ustawy o VAT, ale także wynikającej z prawa unijnego zasady neutralności. Zdaniem sądu, art. 91 ustawy o VAT pozwala na wyeliminowanie błędów w określeniu kwoty podatku naliczonego, a także nieuzasadnionej straty lub korzyści podatnika. W niektórych sytuacjach podatnik deklaruje bowiem prawo do odliczenia wyłącznie na podstawie przewidywań. Przepisy dotyczące odliczenia oraz korekty podatku naliczonego nie zawierały i nadal nie zawierają ograniczeń korekty podatku naliczonego w przypadku, gdy podmiot działał jako podatnik i chce zrealizować prawo do odliczenia podatku naliczonego. Sąd nie podzielił stanowiska organu, że w momencie, w którym instytut dokonywał zakupów niezbędnych do realizacji projektu badawczego, nie miał statusu podatnika VAT.
Autorka jest współpracowniczką zespołu zarządzania wiedzą podatkową firmy Deloitte