1 stycznia 2017 r. gmina przeprowadziła centralizację rozliczeń VAT. W ramach wydzielonego referatu prowadzi działalność w zakresie zbiorowego zaopatrzenia w wodę oraz odbioru ścieków. Z tytułu świadczonych usług wystawia dla kontrahentów faktury VAT oraz odprowadza podatek należny. Część dostaw wody i odbioru ścieków realizowana jest na rzecz jednostek budżetowych (GOPS, żłobki, przedszkola, szkoły) oraz do innych budynków i budowli gminnych. Czynności te, jako czynności wewnętrzne, są dokumentowane za pomocą not księgowych. We wniosku o interpretację gmina zapytała, czy ma prawo do odliczenia VAT od ponoszonych wydatków (inwestycyjnych i bieżących) związanych z działalnością w zakresie zbiorowego zaopatrzenia w wodę i odbioru ścieków, na podstawie proporcji, tzw. prewspółczynika z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT. Chciała się upewnić, czy może to zrobić według kryterium udziału rocznego obrotu z transakcji opodatkowanych (udokumentowanych fakturami VAT) w całkowitym rocznym obrocie gminy z działalności w zakresie wodociągów i kanalizacji.
Czytaj także: Kontrowersje dotyczące sposobu kalkulacji prewspółczynnika VAT
Fiskus nie zgodził się na takie rozwiązanie. Co prawda uznał, że gminie będzie przysługiwało prawo do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT na podstawie art. 86 ust. 2a-2h ustawy o VAT, ale jego zdaniem musi ona uwzględnić przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 86 ust. 22 tej ustawy, tj. rozporządzenia ministra finansów z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników. Za adekwatne fiskus uznał odliczenie według proporcji z § 3 pkt 2 tego rozporządzenia, właściwej dla urzędu obsługującego jednostkę samorządu terytorialnego.
Tak samo uznał Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku. Na sprawę inaczej spojrzał dopiero Naczelny Sąd Administracyjny, który przyznał rację gminie. W jego ocenie, całokształt przepisów ustawy o VAT poświęconych określaniu proporcji odliczenia w przypadku wykonywania działalności o charakterze mieszanym wskazuje, że ustawodawca – mając na względzie różnorodność czynności dokonywanych przez podatnika – nie narzuca w tym względzie jakichkolwiek rozwiązań czy schematów, których stosowanie miałoby być obligatoryjne. Nawet tam, gdzie ustawodawca dopuszcza możliwość ustalenia konkretnego wzoru w drodze rozporządzenia, podatnikowi pozostawiono swobodę i możliwość rozliczenia podatku według proporcji bardziej reprezentatywnej dla prowadzonej przez niego działalności i realizowanych zakupów.
Innymi słowy, wybór metody kalkulacji został pozostawiony podatnikowi, choć nie oznacza to dowolności w odliczeniu. Metoda ustalenia prewspółczynnika musi bowiem odpowiadać kryteriom przewidzianym w art. 86a ust. 2a–2b ustawy o VAT, które stanowią w istocie odzwierciedlenie i rozwinięcie fundamentalnej dla VAT zasady neutralności w odniesieniu do działalności o charakterze mieszanym.
