Spór dotyczył odmowy wszczęcia postępowania o wydanie interpretacji indywidualnej. A chodziło o zakres zgodności sposobu ustalenia proporcji stosowanego do określenia kwoty podatku naliczonego podlegającego odliczeniu od wydatków związanych z całokształtem działalności tj. obejmującej świadczenie odpłatnych usług podlegających opodatkowaniu VAT, jak i działalności pozostałej.
Czytaj także: VAT w gminach: jest możliwość stosowania prewspółczynnika indywidualnego - wyrok NSA
Spółka chciała się upewnić w jaki sposób ustalić taki prewspółczynnik, ale fiskus nie zajął się sprawą. Stwierdził, że w trybie wydawania interpretacji podatkowej na podstawie przedstawionego zdarzenia przyszłego, tj. bez przeprowadzenia postępowania dowodowego, nie jest upoważniony do wskazania, w jaki sposób podatnik powinien ustalić sposób określenia proporcji z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT. Nie ma też podstaw by ocenić i potwierdzić poprawność przedstawionego sposobu określenia tejże proporcji.
Firma zaskarżyła odmowę, ale w pierwszej instancji przegrała. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku stwierdził, że ustawodawca nie narzucił podatnikom sposobów i kryteriów służących ustaleniu proporcjonalnej części podatku naliczonego do odliczenia, pozostawiając w tym zakresie wybór podatnikowi. W jego ocenie potwierdzają to zapisy rozporządzenia Ministra Finansów z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników. Wynika z niego że gdy podatnik, uzna, że wskazany zgodnie z przepisami sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny.
Czyli ustalenie sposobu określenia proporcji należy każdorazowo do podatnika. Sposób określenia proporcji nie wynika z przepisu prawa. Skoro zatem podatnik dokonując określenia proporcji nie stosuje normy prawnej ustalającej sposób określenia proporcji, nie jest możliwe wydanie przez organ interpretacji podatkowej wskazującej czy zastosowany sposób jest zgodny z przepisem prawa regulującym określenie proporcji.