Sprawa dotyczyła rozliczenia VAT za miesiące od stycznia do maja, sierpień i wrzesień 2008 r. Po kontroli fiskus zarzucił podatnikowi, że bezzasadnie odliczył VAT naliczony z faktur wystawionych przez spółkę, a dokumentujących nabycie paliwa. W jego ocenie faktury nie potwierdzały rzeczywistych transakcji gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotowym, tzn. nie był to olej napędowy, lecz odbarwiony opałowy, jak i podmiotowym, tj. wystawca faktury nie był właścicielem tego oleju. W konsekwencji skarbówka uznała, że podatnikowi nie przysługiwało prawo do odliczenia całego VAT.
Podatnik nie zgadzał się z tym stanowiskiem, ale Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił jego skargę. Uznał, że skarżący nie wykazał się należytą starannością kupiecką. Podjął współpracę z nieznaną sobie firmą, przyjął ofertę od nieznanych osób, nie sprawdzając ich wiarygodności ani faktycznego umocowania, zamawiał paliwo telefonicznie. Ponadto regulował należności za dostawę w formie gotówkowej przedstawicielowi handlowemu, który dostarczał paliwa, nigdy nie był w siedzibie kontrahenta, nie żądał także certyfikatu jakości dostarczonego paliwa ani potwierdzenia źródła jego pochodzenia.
Na sprawę inaczej spojrzał dopiero Naczelny Sąd Administracyjny. W jego ocenie analiza zebranego w sprawie materiału dowodowego nie daje żadnych podstaw do stwierdzenia, że w dostawach udokumentowanych zakwestionowanymi fakturami skarżący nie nabył oleju napędowego, a kontrahent podatnika wprowadzał do obrotu handlowego odbarwiony olej opałowy jako napędowy. Nie ma też podstaw do przyjęcia, że tego rodzaju olej był przedmiotem zakwestionowanych dostaw dla skarżącego. W konsekwencji fiskus niezasadnie uznał, że wystąpiły podstawy do pozbawienia prawa do odliczenia podatku naliczonego ze spornych faktur.
NSA podkreślił, że nawet gdyby – co nie zostało udowodnione – skarżący nabył zamiast oleju napędowego odbarwiony olej opałowy, bezpodstawnym było całkowite pozbawienie go prawa do odliczenia VAT z zakwestionowanych faktur. W takim przypadku skarżącemu przysługiwałoby bowiem prawo do odliczenia podatku z tytułu nabycia tego faktycznie zakupionego towaru, służącego jego działalności opodatkowanej, a rzeczą organów byłoby ustalenie wielkości tego podatku.
W ocenie sądu, jeżeli przedmiotem dostawy nie jest ten towar, który został wskazany na fakturze, a inny, to nie ma podstaw do odmówienia prawa do odliczenia podatku z całej faktury, lecz tylko tej części podatku, która nie odpowiada rzeczywistości. To oznacza, że podatnikowi – z uwagi na zasady neutralności i proporcjonalności – przysługuje prawo do odliczenia podatku w części odpowiadającej rzeczywistej wartości transakcji.
