W sprawie chodziło o rozliczenie VAT za sierpień 2016 r. Sporne okazało się to, jak fiskus określił spółce nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy. Przy okazji stwierdził bowiem, że transakcja przeniesienia prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz prawa własności budynku i budowli, potwierdzona fakturą VAT na ponad 5 mln zł netto, stanowiła zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa. To oznaczało, że była wyłączona z VAT, a podlegała PCC. Problem tylko w tym, że wcześniej fiskus wydał na wniosek spółki interpretację. Potwierdził w niej, że zakwestionowana transakcja była sprzedażą aktywów, która daje spółce prawo do odliczenia VAT. Co więcej, spółka się do niej zastosowała i złożyła wniosek o określenie kwoty zwrotu VAT.
Czytaj także: W jaki sposób można uzyskać interpretację przepisów podatkowych
Ten argument spółka szczególnie wyeksponowała w skardze do WSA w Warszawie. Podkreśliła, że uzyskana przez nią interpretacja nie spełnia funkcji ochronnej, bo fiskus błędnie założył, że stan faktyczny opisany we wniosku i rzeczywisty przebieg transakcji się różniły. Podatniczka tłumaczyła, że wystąpiła z wnioskiem o wydanie interpretacji w celu potwierdzenia przysługującego jej prawa do odliczenia VAT z faktury dokumentującej transakcję, którą zamierzała przeprowadzić w przyszłości. Kwestionowanie jej rozliczeń podatkowych potwierdzonych uzyskaną interpretacją uznała za naruszenie zasady pewności prawa i działania organów podatkowych w sposób budzący zaufanie.
WSA przyznał jej rację. Uznał, że interpretacja została wydana przed dokonaniem spornej transakcji, a wszystkie elementy istotne dla oceny skutków podatkowych z punktu widzenia stanu podanego we wnioskach są zgodne z rzeczywistością. Spółka uzyskała zatem korzystną dla siebie interpretację przed przeprowadzeniem transakcji, w związku z czym korzystała z ochrony w pełnym zakresie. Fiskus spróbował jeszcze podważyć to stanowisko, ale sromotnie przegrał. Naczelny Sąd Administracyjny przypomniał, że zgodnie z art. 14k § 1 ordynacji podatkowej – w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2016 r. – zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą, stwierdzeniem jej wygaśnięcia lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego, uchylającego interpretację indywidualną, nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej.
NSA nie zgodził się z fiskusem, że w spornej sprawie zakres ochrony został zinterpretowany zbyt szeroko, gdyż gwarancyjna funkcja interpretacji indywidualnej nie dotyczy sytuacji, w której w rozliczeniu VAT za dany okres powstaje kwota nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy. Sąd stwierdził, że na wniosek podatnika, który stosując się do interpretacji podatkowej, wykazał w deklaracji VAT zwrot podatku nienależnie lub w wysokości wyższej od należnej, zwolnienie z obowiązku zapłaty podatku w zakresie wynikającym ze zdarzenia będącego przedmiotem interpretacji wyraża się określeniem w decyzji wysokości należności objętej zwolnieniem z tytułu obowiązku realizacji zwrotu podatku.
